ויכוח מגזרי לוהט מתנהל מזה שנים בשאלה האם הרב צבי יהודה קוק היה תומך נלהב בעלייה להר הבית או שמא התנגד לכך נחרצות. הקלטה נדירה של הרב שנמצאה לאחרונה עשויה לשים לכך סוף.
המחלוקת בין תומכי העלייה להר הבית למתנגדים לכך סובבת סביב עלייתו של הרב צבי יהודה עצמו להר במהלך מלחמת ששת הימים. לאחר כיבוש העיר העתיקה הרב הצבאי הראשי, הרב שלמה גורן, שלח את עוזרו, מנחם הכהן, להביא את הרב דוד כהן ("הרב הנזיר") לכותל המערבי. בנסיעתם לכותל הם עברו דרך הר הבית, מכיוון שלא הייתה להם אפשרות אחרת.
לאורך השנים העידו חלק מתלמידי הרצי"ה כי הוא אמר שלא ידע שהוא עובר דרך הר הבית, וכאשר הוא שם לב לכך כבר היה מאוחר מדי. בימים שלאחר המלחמה סיפרו תלמידי כי הרב אמר להם: "יש לי צער גדול שאני, שאינני חייל, עברתי בהר הבית. לא ידעתי, לא אמרו לי. אילו הייתי יודע, לא הייתי עולה".
על פי גרסה זו, כאשר הרבנים התכוונו לצאת מרחבת הכותל לכיוון ביתם, הרב צבי יהודה התנגד לחזרה דרך הר הבית. רק לאחר שהוסבר לו שבעיר העתיקה עדיין מצויים צלפים ירדניים, וכי קיימת סכנה להישאר באזור, הוא שוכנע לחזור דרך ההר, שהיה מקום בטוח, בגלל פיקוח נפש.
מנגד יש שטענו שהרצי"ה דווקא תמך בהתלהבות בעלייה להר הבית ואף אמר כי עלה להר מדין "כיבוש" וכי כל יהודי שעולה להר זה "כיבוש". ראש מכון המקדש, הרב ישראל אריאל, התבטא בכמה הזדמנויות בתקשורת בנושא ואמר כי הרצי"ה התייעץ עם הרב דוד כהן, והשניים החליטו יחד להיכנס להר.
לדבריו, לאחר שחזר לביתו, אמר הרצי"ה כי הוא נכנס למקום מדין "כיבוש". הרב אריאל גם יצא נגד הטוענים שהרצ"יה לא ידע שהוא נכנס להר הבית, וטען כי מפרשים את הרב "באופן מכוער".
ההקלטה הנדירה שנמצאה (באדיבות הרב זלמן קורן):
אלא שבהקלטה נדירה שהגיעה לידי 'כיפה', נשמע הרצי"ה עצמו מספר על העלייה להר ומסביר שאכן זו הייתה טעות. בדבריו, שנאמרו בעצרת ביום ירושלים תשל"ג, בישיבת מרכז הרב, נשמע הרצ"יה אומר שהוא לא ידע שהוא ייכנס להר הבית. בעצרת נכח גם הרב שלמה גורן, שהיה אז כבר הרב הראשי לישראל, וגם קולו נשמע בהקלטה.
"מרן הרב (הרב גורן - ד.ל.) הזכיר, כשנפגשנו אז, באותו יום רביעי. אי אפשר לשכוח את אותו יום רביעי. אני נזכר... באו לקחת אותי, קראו לי, פתאום: 'הרב צבי יהודה… בא מנחם'. נבהלתי", נשמע הרצי"ה בהקלטה.
"למטה מחכה זחל"ם. נו טוב, פעם ראשונה בחיי ישבתי על מין כֶלי כזה. לא ידעתי איך יושבים פה. אז הוא סידר אותי, בפחד, בזהירות. תחזיק את היד פה, יד פה. אני שואל אותו: 'מנחם, תגיד לי, אתה היית שם? אני לא הייתי שם, ואינני משתמש בהיתרים לכניסה להר הבית. אז יש הרבה שערים, איך נכנסתם?'", ממשיך הרצי"ה.
"אז הוא אומר לי: 'כל השערים פתוחים לפנינו'. אח"כ הוא הביא אותי, אף פעם לא הייתי שם בסביבה. משך זמן רב נוסעים ונוסעים, אינני יודע איפה. 'לאן אתה מביא אותי?'. אח"כ אומר לי פתאום: 'אנחנו בהר הבית'. אני נבהלתי. 'אני רוצה לברוח, תצא', אמרתי. אני לא ידעתי שאנחנו ניכנס להר הבית. אז אני אומר: 'נצא מכאן, תראה לי איפה לברוח מכאן'. נו, זה כבר היה ממול הבניין שלהם (המסגד)", הוא מספר.
בתגובה נשמע הרב גורן אומר: "המעבר היה דרך שער האריות". הרצי"ה ענה: "כן, מקודם לא היה אפשר בדרך אחרת. אז הוא הכניס אותי דרך זה".
הרב זלמן קורן שחשף את ההקלטה אמר כי "חשוב להדגיש שמסיבת ליל יום ירושלים הייתה הראשונה שנעשתה אחרי מינויו של הרב גורן לרב ראשי. למינוי זה היו גם מתנגדים כידוע. ראש התומכים ברב גורן היה הרב צבי יהודה, והרצי"ה שיבח מאוד את הרב גורן באותה השיחה, ואמר: 'לא צריך לספר את הגאונות והצדקות של מרן הרב שליט"א והגבורה שלו. הוא היה בראש הצבא, בראש הכובשים. ואיתו,שני כלי נשק. יודעים מה היו כלי הנשק שלו? ספר התורה הקטן והשופר הקטן.
"ועם כל זאת, הרצי"ה לא נשא פנים, והזכיר בפניו את שאלת הר הבית ורצונו לברוח מן המקום (כשהרב גורן היה רב ראשי הוא לא שינה את פסק הרבנות הראשית האוסר כניסה לכל שטח הר הבית). ועוד חשוב להדגיש, שהרב צבי יהודה אמר באותה שיחה בפניו של הרב גורן: 'אני לא הייתי שם, ואינני משתמש בהיתרים לכניסה להר הבית', שכל בעל אוזניים מבין שהוא עוסק באקטואליה של שנת תשל"ג, ולא רק בהיסטוריה של שנת תשכ"ז".