נגיף הקורונה משפיע גם על התנהלות צה"ל. בכל שנה חיילי ישיבות ההסדר שחזרו לישיבות לאחר השירות המקוצר, נקראים לקראת הפסח לערוך מילואים למען הכנת החג בבסיסי צה"ל. החיילים מתחלקים לרוב שאלו ששירתו בתפקיד קרבי- יכשירו את המטבחים הצבאיים לקראת הפסח, ואלו ששירתו בתפקידים עורפיים- יערכו ליל הסדר בבסיסים.
אלא שהשנה בשל התפרצות הנגיף הודיעו לחיילים שהיו אמורים לערוך סדרים, ששיבוצם הוחלף ובמקום זאת כולם יעסקו רק בהכשרת מטבחים. ההנחיה הגיעה, ככל הנראה, בשל החשש להביא בני ישיבות מבחוץ שישהו במהלך החג בבסיסים ובכך יכולים הם להדביק חיילים רבים בקורונה. לכן צה"ל מעדיף ששהות בני הישיבות תהיה כמה שיותר מצומצמת, ויהיו רק מספר שעות בבסיס וכשהם נמצאים בצמוד לחומרי ניקיון שישמרו על היגיינה.
כזכור, לפני קצת יותר משבועיים יצאה הוראה, כי מוסדות החינוך ישבתו. ובעקבות כך יצאה הוראה כי על תלמידי ישיבות ההסדר לחזור לביתם. הרבנים והתלמידים קיבלו את הבשורה הקשה, ובכך יצאו לחופשת "בין הזמנים" מוקדמת. מאז בישיבות מורים לתמידים לערוך לימוד עצמי בבית, ובמקביל עורכים שיעורים באפליקציות הוידאו השונות.