גורמים משפטיים הבהירו כי ראש הממשלה בנימין נתניהו צפוי להיחקר בחשד לשיבוש החקירה בתיק 4000, כך על פי הפרסום הערב (ב') בחדשות 2. על פי החשד, עד המדינה ניר חפץ פעל להעלים ראיות ולהשמיד הודעות sms ברשות ובסמכות, ולא על דעת עצמו.
בדיווח נאמר כי נתניהו ככל הנראה לא שלח הודעות באופן ישיר, אך החשד מתמקד בכך שהקשר מול שאול אלוביץ' התבצע בין היתר באמצעות רעייתו שרה, בנו יאיר והמעגל שסבב אותו של שני עדי המדינה בפרשה - ניר חפץ ושלמה פילבר. השניים עשויים לספק את הראיות הדרושות כדי לקשור את החוטים בין נתניהו לאלוביץ'.
מלשכת נתניהו נמסר בתגובה כי "הדלפה של חומרים מחקירה, אפילו אם מדובר בטענות שווא, הן הניסיון האמיתי לשיבוש חקירה. ראש הממשלה פעל ופועל תמיד לפי החוק. הטענות על שיבוש הן קשקוש. לא שיבוש, לא דובים, לא כלום".