ליברמן קיבל את ההחלטה להטיל סגר מלא וכללי מיום שלישי בחצות ועד מוצאי שבת לאחר שמחת תורה – 11 ימים. עד לפיגוע הייתה מחלוקת בין צה"ל למשטרה: בצבא סברו שלא יהיה נכון להטיל סגר כה ממושך, אבל לאחר הפיגוע גם הצבא שינה את עמדתו והתקבלה המלצת המשטרה והשר ארדן משלושה נימוקים עיקריים: הרצון למנוע חיכוך בין עובדים פלסטינים לבין יהודים בימי החג הרגישים שבהם רבים יוצאים לחופשות ולאתרי הטבע, השפעת הפיגוע הרצחני על תחושת הביטחון והעובדה שממילא ימי החג הם קצרים ובתי עסק רבים סגורים כך שהנזק שנגרם לעובדים הוא מינימלים. כך חשף משה נוסבאום בערוץ 2.
במהלך יום הכיפורים הוטל סגר כללי על אזור יהודה ושומרון: על פי הודעת דובר צה"ל, גם המעברים ברצועת עזה נסגרו וכניסת פועלים ליישובים ביהודה, שומרון ובקעת הירדן לא התאפשרה למעט מקרים שאושרו.
במסגרת הסגר ביום כיפור גם כניסת פועלים לשטחי יהודה, שומרון ובקעת הירדן נאסרה אך במקרים הומניטריים, רפואיים וחריגים הותר מעבר לשטחי ישראל – בכפוף לאישור מתאם הפעולות בשטחים אלוף יואב (פולי) מרדכי.