הרב אליקים לבנון, הרב האזורי לשומרון וראש ישיבת ההסדר באלון מורה, מכחיש את הדיווחים לפיהם בכוונתו לפרוש מראשות הישיבה, כדי להתבטא נגד צה"ל. בשיחה עם כיפה טוען הרב לבנון כי הרעיון הזה כלל לא עומד על הפרק - והוא איננו נכון.
על פי הדיווח, שפורסם הבוקר (ב') על ידי "הארץ", הרב לבנון התפטר מראשות הישיבה על מנת שיוכל להמשיך ולהתבטא נגד צה"ל, בעיקר סביב סוגיית קבלת פקודות המטכ"ל המחייבות חיילים דתיים בהשתתפות בטקסים הכוללים שירת נשים, זאת כדי לא לפגוע בישיבה. ב"הארץ" טענו כי החלטתו של הרב לבנון מבוססת על הרצון שלא לפגוע בתקציבי הישיבה בשל התבטאויותיו, בדומה להדחת ישיבת ההסדר של "הר ברכה" ממסלול ההסדר, בשל התבטאויותיו של הרב מלמד.
ואולם, מקורביו של הרב לבנון מבהירים היום בשיחה עם כיפה כי "ההחלטה הזו בכלל לא הייתה על הפרק, והדיווח מצוץ מהאצבע. הרב לבנון מעולם לא חשב לעזוב את הישיבה, ולא יעזוב את הישיבה, בטח שלא בשביל 'להיכנס בצה"ל'. הרב לבנון תמיד אומר את עמדתו, שהיא דעת תורה, מבלי לחשוש לכך".