הביטוי המיוחד והנשגב "שַׁבָּתוֹן שַׁבַּת קֹדֶשׁ" מלמד לדעת האלשיך הקדוש על שלוש דרגות קדושה המצויות בשבת. שלוש דרגות קדושה אלו באות לידי ביטוי בקדושה המוסיפה והולכת מסעודה לסעודה בשלוש סעודות השבת. כך כתב האלשיך הקדוש:
אמר שבתון שבת קדש, . אחת, בלילה שעליה היא סעודת הלילה. למעלה מזו בבקר, שעליה היא סעודת הבקר. למעלה ממנה בערב, שעליה היא סעודה השלישית. והוא אשר גבלו ראשונים חכמי האמת על פסוק (ישעיהו נח יד) אז תתענג על ה וכו, שדרשו שלש הדרגות שבפסוק על שלש סעודות.
את הפסוק בישעיהו (נח, יד) "אָז תִּתְעַנַּג עַל ה וְהִרְכַּבְתִּיךָ עַל בָּמֳתֵי אָרֶץ וְהַאֲכַלְתִּיךָ נַחֲלַת יַעֲקֹב אָבִיךָ כִּי פִּי ה דִּבֵּר", ביארו "חכמי האמת" כמתייחס לשלוש סעודות השבת (ראה זוהר פרשת יתרו דף פח, ב): סעודת הערב (סעודת "חקל תפוחין") רמוזה בביטוי "וְהִרְכַּבְתִּיךָ עַל בָּמֳתֵי אָרֶץ"; סעודת הבוקר (סעודת "עתיקא קדישא") רמוזה בביטוי "אָז תִּתְעַנַּג עַל ה"; וסעודה שלישית (סעודת "זעיר אנפין") רמוזה בביטוי "וְהַאֲכַלְתִּיךָ נַחֲלַת יַעֲקֹב אָבִיךָ" (ומסופר על רשב"י שכשהיה מסיים סעודה שלישית "הוו מכרזי עליה אז תתענג על יי והרכבתיך על במתי ארץ והאכלתיך נחלת יעקב אביך"). נמצא, שבשבת יש התעלות מדרגה לדרגה. רמז לדרגות הללו רואה האלשיך הקדוש בביטוי המשולש "שַׁבָּתוֹן שַׁבַּת קֹדֶשׁ" (מסתבר שכוונתו שגם בביטוי זה יש רמז להתעלות מ"שַׁבָּתוֹן" דרך "שַׁבַּת" עד ל"קֹדֶשׁ").
רמז אחר לשלוש סעודות השבת מופיע בגמרא (שבת קיז, ב), ואף הוא מפסוק בפרשתנו: "וַיֹּאמֶר מֹשֶׁה אִכְלֻהוּ כִּי שַׁבָּת לַה לֹא תִמְצָאֻהוּ בַּשָּׂדֶה". שלוש פעמים "הַיּוֹם" כנגד שלוש סעודות שבת. על רמז זה של הגמרא מעיר האלשיך הקדוש: "והלא כמו זר נחשב כנותו את הסעודות, לכל אחת בשם יום". מדוע לכנות כל סעודה בשם "יום"? מבאר האלשיך הקדוש:
אך הוא, על כי בכל אחת, , לפי איכות הדרגות הקדושה אשר בו למעלה לפניו יתברך כמדובר.
גם בלימוד מהמילה "הַיּוֹם" רואה האלשיך הקדוש רמז לשלוש דרגות הקדושה בשבת - "היום מתעלה בהדרגה". ההתעלות בקדושה מסעודה לסעודה בסעודות השבת היא כמו מעבר מיום קדוש ליום קדוש ממנו "כאילו יום אחד נעשה שלושה ימים".
הקדושה המיוחדת שיש בשבת היא גם זו אשר גורמת לכך שהמן לא ירד בשבת; מבאר האלשיך הקדוש:
בשבת כל מדרגות קדושות עולות מעלה מעלה אל הסבה הראשונה, [ו]כל דבר עולה לפי מדרגתו כנודע ליודעי חן. והנה ידענו מספר הזוהר (פרשת בשלח דף סא, ב) גדולת מעלת איכות המן כי רב מאד הוא מעולם עליון מאד, ועל כן . וזה ירמוז באומרו שבתון שבת קודש לה מחר, כלומר, אל תתמהו אם מצאתם עודף, כי הנה . ושיעור הכתוב, שבתון שבת קדש עולה לה הוא יום מחר. ואיך מה שהוא ממקום הקדש כמוהו יורידהו ה למטה לארץ להגשימו.
המן שאכלו ישראל במדבר לא היה מזון רגיל אלא היה "מעולם עליון מאד". כך כתב גם הרמב"ן (טז, ו):
ודע כי יש במן ענין גדול, רמזוהו רבותינו במסכת יומא (עה, ב) לחם אבירים אכל איש (תהלים עח, כה), , דברי ר עקיבא... והענין הזה שאמר רבי עקיבא הוא, שקיום מלאכי השרת ... , ונמצא שאנשי המן ומלאכי השרת נזונין מדבר אחד.
המזון הרוחני "נתגשם ברצון בוראו יתברך" והיה למאכל לבני ישראל במדבר, "ונמצא שאנשי המן ומלאכי השרת נזונין מדבר אחד"; התהליך שעבר המן אפוא הוא תהליך של ירידה. שבת הוא יום של קדושה והתעלות "כל מדרגות קדושות עולות מעלה מעלה אל הסבה הראשונה"; לכן, אומר האלשיך הקדוש, לא ירד מן בשבת, כי "לא יתכן יתהפך הדבר, שתחת עלות גדר בחינת שהמן משם, שאדרבה ירד למטה ויתגשם". לא יתכן שביום השבת יום שבו כל המציאות מתעלה ומתקדשת דווקא המן ירד מדרגתו.
זהו פשר דבריו של משה "שַׁבָּתוֹן שַׁבַּת קֹדֶשׁ לַה מָחָר" - "השבתון שהוא למחר הוא שבת שהקדש עולה לה"; וביום של קדושה והתעלות לא ירד מן ולכן יש צורך להכינו מיום ששי.