"התשובה" אינה דבר המובן מאליו – חכמינו מספרים לנו (ירושלמי, מכות פ"ב ה"ו) כי "שאלו לחכמה חוטא מהו עונשו? אמרה להם: חטאים תרדף רעה, (במדרש הוסיפו: שאלו לתורה חוטא מה עונשו? אמרה: יביא אשם ויתכפר לו) שאלו לנבואה חוטא מהו עונשו? אמרה להן: הנפש החוטאת היא תמות, שאלו לקודש' בריך הוא: חוטא מהו עונשו? אמ' להן: יעשה תשובה ויתכפר לו, היינו דכתיב: (טוב וישר ה') על כן יורה חטאים בדרך, יורה לחטאי' דרך לעשות תשובה".
מהו הסוד הגדול שיש בתשובה, שלא החכמה, לא התורה ולא הנבואה ידעו עליה, עד שהקב"ה היה צריך לגלות אותה? "תשובה קדמה לעולם" וסודה טמון בבריאת העולם כמו שמובא במדרש (אגדת בראשית א): "בתחילה עלה במחשבה לברוא את העולם במדת הדין וכיוון שראה שלא היה יכול לעמוד במידת הדין לבדה, שיתף עמה מדת הרחמים". אילו היה העולם נברא במידת הדין בלבד היה כל קלקול בעולם בבחינת "מעוות לא יוכל לתקון". סוד התשובה הוא בשיתוף מידת הרחמים, שניתנה לאדם הזדמנות שניה לתקן את המעוות ולחזור בו. אבל האמת היא שסוד התשובה הוא עמוק יותר, גם בעולם הטבע אנו מוצאים את האפשרות לתקן, נייר שנכתבו בו שגיאות אפשר למחוק אותם, כלי שבור אפשר להדביקו, אלא שאחר התיקון אין הדבר המתוקן דומה למצבו קודם הקלקול, אינו דומה נייר מחוק לנייר חלק. אולם התשובה שונה מכל תיקון אחר כמו שאמר הנביא (ישעיה מד כב): "מחיתי כעב פשעיך וכענן חטאותיך, שובה אלי כי גאלתיך". כמו השמים המכוסים בעננים שחורים המסתירים את עין השמש ומטילים קדרות ואפלה על העולם, אם לפתע יתפזרו העננים - ישובו השמים להיות כבתחילה טהורים כעצם השמים לטוהר. כך מהמצב של החטא לא נשאר כל זכר או רושם רע, ואדרבא, אם התשובה היא מאהבה מתהפכים הזדונות שבעברותיו לזכויות. על המהפך הזה כתב הרמב"ם (הל' תשובה פ"ז ה"ו): "התשובה מקרבת את הרחוקים – אמש היה זה שנוי לפני המקום, משוקץ ומרוחק ותועבה, והיום הוא אהוב ונחמד קרוב וידיד".

התשובה היא המפתח לחייו הרוחניים והמוסריים של האדם, כמו שכתב ב"אורות התשובה" (פ"ה ז): "מבלעדי התשובה החיים הרוחניים לא יוכלו להתפתח". וחז"ל הפליגו בחשיבותה ואמרו (יומא פו א-ב): "גדולה תשובה... שמביאה רפואה לעולם. שמגעת עד כסא הכבוד. שמקרבת את הגאולה. שמארכת שנותיו של אדם. שבשביל יחיד שעשה תשובה מוחלין לכל העולם כולו". וכאן נשאלת השאלה: האם התשובה היא מצוה מתרי"ג מצוות שהאדם חייב בה או שהיא אפשרות שניתנה לאדם בחסד שמים? הרמב"ן בפירושו לכתוב (דברים לא יא) "כי המצוה הזאת... לא בשמים היא" מתלבט לאיזו מצווה מתכוון הכתוב, האם לכל אחת מתרי"ג מצוות או למצווה מסוימת, ולבסוף הוא מכריע שהכוונה היא למצוות התשובה: "על התשובה הנזכרת (בדברי הכתוב: 'והשבות אל לבבך' או הכתוב: 'ושבת עד ה' אלקיך') שהיא מצוה שיצווה אותנו לעשות". לפי הרמב"ן התשובה היא אחת מתרי"ג המצוות. ברם לפי הרמב"ם משמע שהתשובה עצמה אינה מצווה אלא רק הוידוי, כמו שכתב בספר המצוות (עשה עג): "הוא הצווי שנצטוינו להודות בחטאים שחטאנו לפניו בדיבור כשנשוב מהם – וזהו הוידוי". וכן בהלכות תשובה אין הרמב"ם כותב שיש מצוה לעשות תשובה אלא כתב: "כשיעשה תשובה וישוב מחטאו חייב להתוודות לפני הא-ל ברוך הוא". מדוע אין הרמב"ם מונה את התשובה עצמה כמצווה? מסביר את הדבר רבי מאיר שמחה מדוינסק בספרו "משך חכמה" (וילך, עמ' שכב) והוא שואל: איך אפשר להחשיב את התשובה למצווה, שהרי התשובה היא שהחוטא לא יוסיף לחטוא עוד, והדרישה הזו קיימת גם בלא מצוות התשובה, שהרי האדם מצווה ועומד שלא לעבור על מצוות ה' יתברך – האם בשביל שעבר פעם אחת הותר לו, הרי האזהרה הראשונה המונעת אותו שלא לחטוא קודם החטא היא המונעת אותו מלחטוא גם אחרי החטא, ואם כך מה חידשה לנו התורה במצוות התשובה? ואכן באיסור לחטוא אין הבדל בין לפני החטא לאחרי החטא, ההבדל הוא שאחרי החטא נוספה לו מצווה נוספת והיא להכיר בחטאו, להתוודות עליו ולבקש מחילה וזהו הוידוי. הראי"ה קוק בספרו "משפט כהן" (עמ' רפח) מסביר שלרמב"ם "התשובה אינה מצוות עשה כי אם עצה של חיבה מאת אבינו שבשמים שידו פשוטה לקבל שבים". ולא שאין מצווה לעשות תשובה, אלא "שהיא כללית וגדולה מאד ולכן אין לה שייכות לתוכן של מצוות עשה" וכוונתו שהרמב"ם בהקדמתו לספר המצוות מביא ארבעה עשר כללים למניין המצוות, והכלל הרביעי שם הוא: "שאין למנות ציווים הנוגעים לכל מצוות התורה כולה", וכיון שהתשובה נוגעת לכל מצוות התורה כולה, אין למנות אותה כמצווה מתרי"ג מצוות. ולכן אין הרמב"ם מונה את התשובה כמצוות עשה אלא רק את הווידוי.