פרשת הנגעים היא מן הפרשיות המופלאות שבתורה כולה. במה חטא אדם שנפלו עליו נגעי בשר, ראש וזקן? ומה טעם נגזר עליו לצאת מן המחנה? ולא עוד, אלא שעליו לשבת "בדד"?.
חלק מהפרשנים פירשו זאת כעונש. רש"י, בעקבות חז"ל, מפרש על דרך "מידה כנגד מידה": "בדד ישב – שלא יהיו טמאין יושבין עמו. ואמרו רבותינו: מה נשתנה משאר טמאים לישב בדד? הואיל והוא הבדיל בלשון הרע בין איש לאשתו ובן איש לרעהו, אף הוא ייבדל חוץ לשלוש מחנות". וכך פירש גם ה"אבן עזרא", שהמצורע נוהג מנהגי אבלות (קריעת בגדים וגידול שערו), כדי ש"יתאבל על רוע מעשיו, כי בעבור מעשיו בא לו זה הנגע". גישה זו עולה בקנה אחד עם מעשים שונים שנזכרו במקרא, המלמדים על כך שהצרעת באה כעונש על חטא. כך, לדוגמא, במעשה משה שהוציא ידו מחיקו וגילה שמצורעת היא כשלג, כעונש על שהרהר אחר אמונתם של בני ישראל בשליחותו; במעשה מרים אחותו שנצטרעה על שדיברה סרה במשה איש האלוקים, וכך במעשה גיחזי משרת אלישע ועוזיה מלך יהודה. במדרשי חז"ל הוסיפו והדגישו זיקה זו שבין החטא ועונשו. לעומת זאת, נטו פרשנים אחרים, כגון רבי יוסף בכור שור, מבעלי התוספות בצרפת, והחזקוני על אתר, לפרש פסוקים אלה על דרך הפשט. לפי פירוש זה, הרחקת המצורע לא באה כעונש אלא כציווי פראקטי; על המצורע לגדל שפמו, "להפסיק ריח רע היוצא מפיו, שלא להזיק את הבריות", ועליו להתרחק מחברת אנשים אחרים, לבל ידביק אותם במחלתו.
ברבות הימים היה ה"מצורע" שם גנאי לאנשים חריגים, שהחברה דחתה אותם מפניה. אמונות עממיות שונות שדבקו ב"מצורעים" ובשכמותם תרמו להדרתם של ה"מצורעים" מחיי הקהילה. עדות קיצונית לכך מצויה בספר הסמ"ג, שם נאמר שכאשר נכנס מצורע לבית הכנסת "עושה לו מחיצה גבוהה ברוחב ארבע אמות, ונכנס ראשון ויוצא אחרון", והכל כדי שלא יבוא במגע עם שאר בני הקהילה. בספרות השו"ת מובאים מקרים נוספים של בני זוג, שאחד מהם – בדרך כלל האיש – לקה במחלת ה"צרעת", ובן הזוג האחר ביקש להיפרד ממנו. גדולי החכמים, ובהם רבנו גרשם מאור הגולה פסקו שבנסיבות מסוימות יש לראות במחלה זו עילה לכפיית גט.
ברם, במקרים רבים אחרים, נטו הפוסקים לראות במחלה מעין "כוח עליון", שאין למהר ולגזור הימנו את ניתוק קשר הנישואין. דוגמא לזהירות שיש לנקוט בעניין זה מופיעה באחת התשובות המופלאות שיצאו מתחת ידיו של רש"י. במקרה זה תבע האיש שמאס באשתו לגרשה, מכיוון שלקתה – כך לטענתו – בסימני צרעת: "והדברים ניכרים שאת לוקה בצרעת, וסימני צרעת נהגו בך, חוטם וסתם פנים פורחות בשחין". לעומתו, טענה האישה כי נכנסה "שלמה" לחופה, ואותן שומות עלו בפניה, מתוך "צער וכעס", רק לאחר שהאיש גירש אותה מביתו בבושת פנים. רש"י מאמץ בתשובתו את עמדת האישה. לדעתו, גם אם נראו באישה מומים, אלה נולדו רק לאחר נישואיה ולפיכך אינם יכולים להוות עילת גירושין. רש"י מוסיף ומביא דברים חמורים בגנות התנהגותו המבישה של האיש: "והראה האיש מעשהו לרעה, והראה עצמו שאינו מזרעו של אברהם אבינו, שדרכו לרחם על הבריות, וכל שכן על שארו אשר בא אתו בברית. שאילו נתן לה לקרבה כאשר נתן לה לרחקה, היה נמשך חינה עליו. שכך אמרו רבותנו 'חן מקום על יושביו', ואפילו הוא מקולקל המים רעים והארץ משכלת, וכך חן אישה על בעלה. ואשרהו אם זכה לזכות בה ולקנות בה חיי העולם הבא. שאף בכופרי הקב"ה ראינו הרבה שאין מרחקין נשותיהן...וזה הקשיח בבית אבינו שבשמים כאשר העיד בינו ובין אשת נעוריו משפט ודין. עליו לנהוג בה כמנהג בנות ישראל, ואם אינו מקרבה ברחמים ובכבוד יגרשנה ויתן לה כל כתובתה".
עדות נוספת ליחס הראוי אל ה"אחר", למרות שונותו ומחלתו, מופיעה ב,ספר חסידים", המקור המרכזי לתורתם של חסידי אשכנז במאה ה-13, הזועק חמס נגד המנהג שהיה רווח במקומו לבייש את "מוכי השחין" ביריקה כנגדם. וכך הוא כותב: "וכן אם יראה בבני אדם שהם כן (מוכי שחין), אל ירוק, כי מעשיו ידיו כולם. כי הבריאים והחולים, כולם תלויים ביד היוצר, ומעשה ידיו הם כולם, ולכן לא ייתכן לרוק בעבור שום אדם". לאמר: כל בני האדם נבראו בצלם אלוקים, וגם אם לקו בידי שמים, מצווים אנו בכבודם ואסורים לביישם.