פרשתינו פותחת בפסוק "ויקהל משה את כל עדת בני ישראל וגו' קחו מאיתכם תרומה" ועלינו להבין שעיקר משמעות הפסוק בביטוי ההפרדה המתוארת כאן בין בני ישראל, צאצאי האבות, יורשי הזהות העברית, יורשי מסורת תיקון העולם ע"י המוסריות בכל תחומי היחש: בין אדם למקום, בין אדם לחברו ובין אדם לעצמו.
חטא העגל גילה שאין הערב רב מוכן לתפיסה זו (כפי שאומר הקב"ה למשה "לך רד כי שיחת עמך אשר העלית מארץ מצרים". את בני ישראל לא משה הוציא ממצרים אלא הקב"ה בכבודו ובעצמו, וכדכתיב: אנכי ד' אלקיך אשר הוצאתיך מארץ מצרים... ומכאן מובנים היטב דברי המדרש המובאים ברש"י: עמך - ערב רב שקבלת מעצמך וכו' - הם שחתו והשחיתו). כי הדת מבחינתו מצטמצמת לפולחן המוקיר במיוחד את דמות המושיע והופך אותו לאליל, ככתוב: כי זה משה האיש אשר העלנו מארץ מצרים לא ידענו מה היה לו. ז"א שעיקר המאמץ מכוון להבטיח את נוכחות הישות האלקית העליונה, ורק המתווך האלקי מסוגל לכך. מכאן שאין מעשיו של האדם מועילים לו אלא פולחנים שהם מאגיים ביסודם ואשר תוקף הצלחתם תלוי בכוחו של המתווך. תפיסה זו גם מרוקנת מכל תוכן את מושג ממלכת כהנים וגוי קדוש וכתוצאה טבעית מכך את המשמעות של ארץ ישראל כמקום ייסוד חברה אשר למוסדותיה יש מימד משיחי ממשי ואשר להתמודדות עם הבעיות החל מהרמה המוניציפלית - ומעבר לכל הביקורת על כשלונותיה ועוותיה - יש מימד של צליעתו של יעקב לאחר המאבק עם המלאך עד עלות השחר, וטרם זרחה לו שמש מרפא.
היות וכך, באה כאן התורה להורות כי לא זו בלבד שרק ישראל יכול לטפל בבניית המשכן אלא גם רק ישראל יכול להביא את התרומות לבנייתו. הערכים אשר מהם בנוי בית ד' אינם רק ערכים מופשטים. חייבים הם לקבל ביטוי במציאות הממשית של העולם, והם הנקראים זהב וכסף ונחושת וכו'. והנה התגלה שאצל אומות העולם המעבר בין הבחינה המופשטת למציאות, משחיתה את הערכים כי ירידה זו יוצרת אצלם את מהות האליל. לכן צריך ישראל לעסוק בשני התפקידים, דוגמת יעקב שהוצרך לעסוק גם ברוחניות וגם בחומר כי לשניהם שייך תיקון משלו.
ע"כ באה פרשת פקודי לחתימת ספר שמות, וכמסיימת את רצף הפרשיות של מעשה המשכן ומסכמת את כל עשייתו. ספר שמות, ספר הגלות והגאולה שפתח בהשתעבדותם של ישראל למצרים, נחתם בעניין עשיית המשכן, בבחינת "סוף מעשה במחשבה תחילה" ללמדנו שכל מטרתה של יציאת ממצרים היא בניית בית המקדש. ספר בראשית מסתיים כאשר הוכח שהאחווה סוף סוף הצליחה במשפחת יעקב, ולכן יכול להתחיל סיפור ההתגברות על המציאות הגלותית של האדם בעולם, אשר הצלחתה מתבטאת בבניית בית ד', כאב-טיפוס להפיכת העולם כולו למקום אשר בו - כמו במקדש - הקב"ה והאדם יכולים לחיות ביחד. היות וכך, מובטחים אנו שעל אף כל התלאות והעיכובים, בבחינת "הלֹך ילך ובכֹה נושא משך הזרע", בסופו של דבר, ילך וייבנה בית המקדש השלישי בבחינת "בא יבא ברינה נשא אלומותיו".
בפסוק הראשון בפרשה: "אלה פקודי המשכן משכן העדות וגו'", אנו רואים חזרה שנראית מיותרת, בכך שהכתוב אומר פעמיים את המילה "משכן" למרות שהיה אפשר לכאורה לכתוב סתם: "אלה פקודי משכן העדות". על כפילות זו אומר רש"י: "שני פעמים, רמז למקדש שנתמשכן בשני חורבנין, על עוונותיהם של ישראל". כלומר, יש במציאות של המקדש מימד של משכון, של ערבון וכאשר החייב אינו משלם את חובו בא הנושה ונוטל את המשכון. לכן מתוך אבל החורבן עצמו באה הנחמה: מחזרת הכתוב על משכן פעמיים, אנו למדים ששני מקדשים נתנים להחרבה, בגדר משכן שהוא עראי, בית המקדש הראשון שנחרב בגלל חילול ד' ובית המקדש השני שנחרב בגלל שנאת חינם. אך, בית המקדש השלישי שיבנה במהרה בימינו אמן, אינו כן. אנו מובטחים שגדול יהיה הבית האחרון מקודמיו, וכפי שמורה 'אחרון' שאין לאחריו בניין אחר: הבית השלישי לא יחרב, אלא מרגע שיבנה יהיה עומד לעולמים.
בישראל המשכן הינו הכנה להפיכת המציאות כולה להיות הדום רגליו של הקב"ה. המשכן כולל את ארבעת המרכיבים שביחד - ורק ביחד - מבטיחים שתשרה שכינה בעולם: מלך, שופט, כהן, נביא. דבר המגלה גם את סדר הקדימה הנכון.
ובכך נוכל להבין את הפסוק שאומר "ועשו לי מקדש ושכנתי בתוכם" בתוכו לא נאמר כאן אלא בתוכם, עיקרו של המקדש להשכין את הקב"ה בישראל, באדם ובחברה.