הציווי על בניית מזבח הקטורת חותם את שרשרת הציוויים על כלי המשכן שהתחילה בפרשת תרומה. ר"י בכור שור "מנצל" הזדמנות זו כדי לכתוב דברים כלליים על המשכן וכליו; כך הוא כותב:
"ועשית מזבח מקטר קטורת – להקטיר עליו קטורת; מלכותא דשמיא כעין מלכותא דארעא: כעין שעושין המלכים מוגמר לְבַשֵּׂם. ומזבח העולה – כגון בית המטבחים, ושולחן ומנורה. והמטבחיים רחוק מִשִּׂכְנוֹ של מלך, והשולחן והמנורה והמוגמר קרוב יותר. ובית קדשי הקדשים – חדר המלך ומקום כסאו".
אופן הסידור של כלי המשכן במשכן מתאים לאופן הסידור של ארמונות מלכים: חדר המלך ומקום כסאו – קודש הקדשים, מקום הארון הכפורת והכרובים; ובחדר הקרוב – הקודש – שולחן, מנורה ובשמים לריח טוב (מוגמר) – מזבח הקטורת. ורחוק יותר מחדר המלך – בית המטבחים, מקום השחיטה והכנת האוכל – מזבח העולה המצוי בחצר המשכן.
אכן השוואה זו מצריכה הסתייגות; וממשיך ר"י בכור שור:
"ולא מפני שהקב"ה צריך לזה, כי לו כל חייתו יער, בהמה ועוף (על פי תהלים נ, י-יא), וכמו שנאמר "אם ארעב לא אומר לך" (שפ פסוק יב); אלא שהקב"ה חפץ להצדיק את ישראל, וכמו שאמרו החכמים (משנה מכות ג, טז): רצה המקום לזַכות את ישראל, לפיכך הִרבה תורה ומצוות".
אמנם מבנה המשכן דומה למבנה ארמונות של מלכים, אך בניגוד לארמונות שנבנים לצרכי המלכים, המשכן לא נבנה לצרכיו של מלך מלכי המלכים הקב"ה. הציווי לבנות משכן הוא דווקא למען ישראל שנצטוו לבנות. הציוויים הרבים של המשכן הם חלק מהמצוות הרבות שנצטוו ישראל, אשר מגמתן "להצדיק את ישראל". "רצה המקום לזַכות את ישראל, לפיכך הִרבה תורה ומצוות" – ריבוי מצוות מאפשר לישראל לזכות.
הרצון האלוהי לזכות את ישראל בא לידי ביטוי גם בעניינים נוספים:
"ולכך שיכן שכינתו ביניהם, שתהא אימתו ויראתו עליהם. ותיקן שיקריבו לפניו קרבנות – נדרים ונדבות, חטאות ואשמות, תמידין ומוספין – לכפר עליהם".
גם השראת השכינה בתוך בני ישראל מסייעת לזכות את ישראל, שהרי קירבת אלוקים משפיעה "שתהא אימתו ויראתו עליהם", ובעקבות כך ירבו לעסוק בתורתו ובמצוותיו.
גם הקרבנות שמכפרים הם לטובתם של ישראל. אכן לא רק הכפרה על החטא המסוים היא הטובה שיש בקרבנות אלא יש לקרבנות השפעה רחבה ומקיפה יותר, כפי שממשיך ר"י בכור שור ומבאר:
"שכשאדם חוטא, ורואה ויודע שנתכפר לו ויודע שהוא נקי, נזהר יותר מלחטוא ומִלַּכְלֵך עצמו בחטא. ואם לא ידע שמתכפר לו, וחוטא היום ולמחר, וסבור הריני מלוכלך בחטאים – שוב אינו נזהר על עצמו. וכן אמרו רבותינו (יומא פו ע"ב): כיון שעבר אדם עבירה ושָׁנָה בה, נעשית לו כהיתר. ולכך קבע הקב"ה לישראל קרבנות להתכפר בהם, ויום הכיפורים למחילה ולסליחה, שלא ירגילו לחטאים, משל לאדם שיש לו בגדים צחים נקיים ומלובנים, כל זמן שבגדיו מלובנים הוא נזהר בהם מן הטיט ומן הלכלוך, וכיון שנתלכלכו אינו נזהר בהם, ולכך ציוה הקב"ה על העבודה ועל הקרבנות, וזהו שאמר שלמה "בכל עת יהיו בגדיך לבנים" (קהלת ט, ח)".
הקרבנות גורמים לאדם לדעת שזכה לכפרה. אילו לא היו קרבנות היה האדם שחטא חי בתחושה שהוא מלוכלך בחטאיו ולא היה רואה כל טעם להיזהר מחטאים נוספים. הקרבנות מעניקים לאדם תחושת ניקיון מן החטא, ותחושה זו מועילה לו להיזהר מלחטוא עוד.
זהו פשר דברי חז"ל על כך שחזרה על העבירה פעם נוספת מעניקה לאדם תחושת היתר. מה שמעניק תחושה זו הוא הלכלוך בחטא, שהרי מי שמלוכלך אינו נזהר מלהתלכלך יותר. לעומת זאת הרגשת הניקיון מן החטא גורמת לזהירות. זוהי משמעות דבריו של שלמה המלך בספר קהלת: "בכל עת יהיו בגדיך לבנים", לאמור: יש לשאוף לחיות בתחושה של ניקיון מן החטא, זאת למען עתיד נקי יותר.
בשולי הדברים יש לציין שהרעיון האחרון הובע גם על ידי הרמב"ם בספרו מורה הנבוכים (ג, לו). כך כתב הרמב"ם בעניין הדעות שנכללות לדעתו ביסודי התורה:
"ומבואר הוא שהתשובה גם כן מזה הכלל, רוצה לומר מן הדעות אשר לא יסודר מציאות אנשי התורה אלא בהאמין אותם, שאי אפשר לשום אדם שלא יחטא ויפשע, אם שיסכל בדעת שיבחרהו או מדה והיא בלתי נבחרת באמת או לתגבורת תאווה או כעס, ולוּ יאמין האדם שלא יוכל לתקן זה המעֻות לעולם, היה מתמיד על טעותו ואפשר שהיה מוסיף במריו אחַר שלא נשארה לו תחבולה, אך עם אמונת התשובה יתקן וישוב לטוב שבעניינים ויותר שלם ממה שהיה קודם שיחטא, ולזה רבו המעשים המקיימים זה הדעת האמתי המועיל מאד, רוצה לומר הווידויים והקרבנות על השגגות וכן על קצת הזדונות, והתעניות, והעניין הכולל לתשובה מכל חטא לסור ממנו, זאת היא תכלית זה הדעת, ואלו כולם תועלתם מבוארת".