"במקרה של מצפה כרמים קיימת אחריות שלטונית, כי התושבים עלו לקרקע על פי החלטת ראש הממשלה ושר הביטחון ולכן יש להסדיר את המקום", כך אמר אמש (ב') שר הביטחון לשעבר, משה יעלון, בדיון בבית המשפט המחוזי בירושלים בתיק תביעה שהגישו תושבים נגד הטוענים לבעלות על הקרקע אשר הוקצתה להם בהוראת הממשלה בשנת 2000.
במהלך הדיון התייצבו להעיד לטובת המתיישבים בעלי תפקידים שונים אשר גיבשו את ההחלטה על העתקת מצפה כרמים למיקומה הנוכחי על פי החלטת הממשלה דאז. יעלון, ששימש בתפקיד אלוף פיקוד המרכז בתקופת חתימת ההסכם עם המתיישבים, נתן את חוות דעתו בנושא.
את דבריו אלה גיבו בזה אחר זה עדים נוספים, ביניהם אל"מ במילואים שלמה פוליטיס ששימש בזמנו כיועץ המשפטי של פיקוד מרכז, שהגנו על אופן התנהלות המדינה והצהירו שמצפה כרמים הועתקה למקומה הנוכחי במסגרת חוקית ובהתאם להחלטת הדרג המדיני. במהלך הדיון העיר השופט דראל לנציגת פרקליטות המדינה על כך שהמדינה טרם גיבשה והציגה את עמדת המדינה.
תושבי מצפה כרמים, מסרו בתגובה: "לצערנו, אל אף ניסיונות הפרקליטה המייצגת את המדינה לחקור בצורה אגרסיבית את נציגי המדינה עצמם אשר ביצעו את תפקידם בהנחיית הגורמים המדיניים, ואשר העידו לטובת מצפה כרמים, ניסיונות אשר אף גרמו לשופט להעיר על אופן ביצועם, העדויות אשר נשמעו בדיון מהוות הוכחה איתנה לזכויותינו בקרקע, כפי שטענו במשך שש השנים האחרונות, בהם הישוב נמצא בהקפאה עקב צו בג"ץ. מה שצריך להביא לביטול העתירה בבג"ץ לפינוי המצפה.
"מצער לדעת כי ממשלת ישראל ונציגיה בפרקליטות אינם לוקחים אחריות על החלטות עבר, ואינם רואים ערך ציבורי ומשפטי בקיום הסכמים שנחתמו בעבר בנוגע להעתקה בהסכמה. במקום זאת אנו נאלצים לקיים הליך משפטי עצמאי על מנת להגן על מעשיה ומחדליה של המדינה עצמה".
עוד מסרו התושבים כי "אנו רואים בחומרה את חוסר תום הלב של ממשלת ישראל בהתנהלותה בסוגיית מצפה כרמים ושבים ודורשים דבר פשוט מאוד - הסכמים צריך לקיים. לא יתכן שממשלת ישראל והעומדים בראשה מעבירים מסר ציבורי קשה, כי הסכמים הינם רק בגדר המלצה. הדברים נכונים שבעתיים כיום לאחר חקיקת חוק ההסדרה אשר יש גם בו כדי להסדיר את מעמד המצפה".
היישוב הקהילתי שממוקם בבנימין מונה כ-43 משפחות עם כ-150 ילדים. היישוב הועתק לתוך תב"ע מאושרת של היישוב כוכב השחר ומיקומו אושר על ידי ראש הממשלה לשעבר אהוד ברק ובחתימת אלוף פיקוד מרכז דאז משה יעלון. הדבר אפשר לתושבים לקבל חוזי בר רשות בקרקע מהרשויות.
כיום קיימים ביישוב 16 בתי קבע ושאר המשפחות מתגוררות בקרוואנים. התיק בעניין היישוב תלוי ועומד בבג"ץ במצב של צו ביניים, המביא להקפאה דה פקטו של ההתפתחות הטבעית של הישוב.