בדף עמדה שהוגש הבוקר (ג') במהלך דיון בוועדת העלייה והקליטה שדנה בנושא בתי הדין הפרטיים לגיור, אומרים בארגון חותם כי הפעלת בתי דין פרטיים לגיור על ידי רבנים הנושאים משרות רשמיות במדינת ישראל הינה אסורה, ונעשית בניגוד להוראות הדין ולכללי אתיקה בסיסיים, ועל כן יש לאסור על רבנים אלו להמשיך בפעילותם זו.
ב'חותם' טוענים כי ישנן מספר בעיות בהפעלת בתי הדין האלטרנטיבים על ידי רבני הערים, ומציינים כי אף ניתן להגיש קובלנה לבית הדין המשמעתי כנגד אותם רבנים. ראשית מציינים בחותם כי קיימת בעיה אתית משום שרבני הערים פועלים מכוח סמכותה של הרבנות הראשית. "פעילות של רבנים בניגוד להנחיות הרבנות הראשית הינה פעילות לא אתית, באשר היא מתנכרת לרצון הגוף שמכוחו הם פועלים", נכתב בדף העמדה.
שנית מצביעים ב'חותם' על בעיה משפטית מכיוון שהנושאים במשרות רבני ערים כהגדרתם בחוק, חייבים לפעול בהתאם להוראות מועצת הרבנות הראשית. כך נקבע בהוראות סעיפים 4 ו- 5 לתקנות שירותי הדת היהודיים (בחירות רבני עיר) תשס"ז-2007. "התעלמות מהוראת חוק זו יכולה לגרור הגשת קובלנה לבית הדין המשמעתי, בהתאם להוראות סעיף 12א להוראות חוק שירות הדת היהודיים", מציינים בחותם.
בנוסף מצביעים בחותם על ניגוד עניינים מוסדי מאחר ואחד הרבנים הצהיר כי יעשה שימוש בסמכותו הרשמית כרשם נישואין, על מנת לרשום לנישואין אדם שהתגייר בבית הדין האלטרנטיבי שהקים. "זו דוגמה מובהקת לניגוד עניינים האסור על פי חוק, כאשר עובד ציבור ממלא יותר מתפקיד ציבורי אחד בשני גופים שלטוניים, ומקדם את ענייניו של הגוף שבמסגרתו הוא ממלא את תפקידו השני", נכתב בדף העמדה.
מעבר לכך אומרים בחותם כי יש פגיעה במתגיירים עצמם שכן החלטת הממשלה (המעוגנת בפקודת העדה הדתית) דורשת כתנאי להכרה חוקית בגיור שעבר אדם, תעודת אישור מאת ראש העדה הדתית אליה הוא נספח. בכך למעשה מצהירה מדינת ישראל שישנו צורך בגורם מוסמך שיקבע מדיניות הלכתית אחידה ביחס למדיניות הגיור, מפני שללא זאת עלול להעמיק חוסר השוויון בחברה בישראל.
"אם מתגיירים יוגדרו כיהודים רק על פי גוף גיור שולי וללא אישור של הרבנות הראשית, בסופו של דבר הם לא יוכרו כגרים באופן מוחלט ורשמי, וייגרם להם נזק גדול", אומרים בחותם.