בג"ץ דחה הבוקר (ה) את עתירתה של תנועת אומ"ץ (אזרחים למען מינהל תקין), אשר ביקשה ממנו להורות לוועדה למינוי דיינים להדיח את הרב הראשי לישראל, יונה מצגר, מתפקידו כדיין בבית הדין הרבני הגדול. כזכור, נחשד הרב מצגר על ידי המשטרה בקבלת טובות הנאה שקיבל בבתי מלון בירושלים, אשר כללו אירוח בבתי מלון מפוארים על חשבון המדינה, בעת שזו העמידה לרשותו דירה חילופית בירושלים.
היועץ המשפטי לממשלה הסיק כי אין ראיות מספיקות כדי להעמיד את הרב מצגר לדין פלילי, וכן כי אין אפשרות להעמיד אותו בפני בית הדין המשמעתי לדיינים מפני שהוא עומד בראשו. המלצתו של מזוז, לפיכך, הייתה לכנס את וועדת המינויים הדיינים שתדון בהמשך כהונתו של הרב מצגר כדיין. ועדת המינויים שמעה את גרסתו של הרב מצגר, שהציג את הממצאים באור אחר, וטען כי מי שטיפל בנושא היו עוזריו שפעלו ללא ידיעתו. הוועדה הסיקה פה אחד כי אין עילה לפסול את הרב מצגר מתפקידו.
בתגובה עתרה עמותת אומ"ץ לבג"ץ, בטענה כי "המשיב, כדיין בבית הדין הרבני הגדול, צריך להיות מופת לציבור. דמותו צריכה להיות נקייה מרבב. הוא צריך לסמל באישיותו טוהר מידות וצניעות. המשיב הוכיח, במעשיו שתוארו בהחלטה... כי הוא רודף כבוד ונטול כל רגישות לטוהר המידות ולהיותו דמות הצריכה לשמש מופת לציבור. על כן הוא פסול מכהונה בכל משרה שיפוטית".
בתגובה לעתירה טענו שלושת שופטי בג"ץ - אדמונד לוי, אליקים רובינשטיין ויורם דנציגר - כי על אף שהם מקבלים את עמדת הוועדה למינוי דיינים ואינם מערערים את סמכותה, הרי שהם עצמם נוהגים אחרת, ככל הנראה. בדבריו אמר השופט אדמונד לוי כי "לוּ נדרשתי אני להכרעה בפרשה זו, משל ישב בית-משפט זה כערכאה דיונית ובפניו הראיות עליהן עמדתי לעיל, נוטה הייתי לסבור כי היבטים מרכזיים בגרסה שהציג הרב הראשי לישראל אינם יכולים לעמוד אל מול חומר הראיות המוצק שפרשׂ היועץ המשפטי לממשלה בחוות-דעתו. יתרה מכך, חלק מן ההסברים שנמסרו מפיו של הרב ובשמו נראים בעיני, על-פניהם, תמוהים ואף מופרכים".
השופט לוי הדגיש כי גם חוסר תשתית מספקת להעמדה לדין, איננה מבטלת את העובדה שמדובר "בהתנהגות שאף אם אינה עולה כדי עשייה פלילית, היא קלוקלת ופסולה מן הבחינה הציבורית". עוד אמר לוי כי בניגוד לדעתו של מני מזוז, הוא סבור כי ניתן להעמיד אדם לדין משמעתי גם במרום בו הוא עומד בראש המערכת, ולפיכך אפשרית העמדתו לדין של הרב מצגר בפני בית הדין המשמעתי לדיינים.
השופט אליקים רובינשטיין הוסיף בנוגע להחלטה שלא לפסול את החלטת הוועדה, כי "מכל מקום, אם פורמאליות יש כאן, נחת ושכנוע אין כאן. יתכן כי אילו נימקה הועדה (בדעת הרוב) את דבריה, היינו מוצאים בהכרעתה הפקת לקחים והנחיות לעתיד, כדי להסיר מכשול, וזאת גם אם ההכרעה הייתה שאין מקום להעברת הרב מדיינותו; אם בארזים נפלה שלהבת...". עוד אמר רובינשטיין כי "נותר טעם בעייתי", והביע את דעתו על הוועדה כי "דעת הרוב עשתה מלאכתה כמי שכפאה שד, כמי שמבקש לנער מעליו מטרד".
בתגובה לפסק הדין קוראת היום תנועת אומ"ץ לרב מצגר להתפטר: "נוכח הביקורת הקשה על הרב מצגר, בפסק הדין שניתן היום (5.2.09)ע"י בג"צ בעתירת תנועת אומ"ץ נגד הוועדה למינוי דיינים, הרב הראשי לישראל יונה מצגר והיועץ המשפטי לממשלה, קראה היום אומ"ץ לרב מצגר להתפטר לאלתר. במכתב מר אריה אבנרי, יו"ר הנהלת אומ"ץ, היתרתה אומ"ץ ברב מצגר כי אם לא יסיק מסקנות אישיות ממה שנאמר עליו ע"י בג"צ, תמשיך אומ"ץ לפעול, במישור המשפטי, להעמדתו לדין משמעתי, עד להרחקתו משורות מערכת השפיטה".
בלשכת הרב הראשי בירכו על פסיקת שופטי בג"ץ, שאימצו את החלטת הועדה למינוי דיינים העומדת לצידו של הרב הראשי