בעקבות ההאשמות הקשות של הרב יוסף נגד ארגון רבני צהר ותגובתם בחזרה הגיב ראש ישיבת מעלה אדומים הרב יצחק שילת ואמר:
"אני מזועזע מהסגנון הגס והבוטה שבו משתמשים רבנים בישראל אלו כנגד אלו. במסכת אבות למדנו: "חכמים היזהרו בדבריכם שמא תחובו חובת גלות ותגלו למקום מים הרעים וישתו התלמידים הבאים אחריכם וימותו, ונמצא שם שמים מתחלל". המיתה שמדובר בה היא מיתה רוחנית, יציאה לתרבות רעה ח"ו. אם כך מתנהגים רבנים - יאמרו התלמידים - אין לנו חפץ בהם ובתורתם.
הרב שילת קרא להן לרב יוסף והן לארגון 'צהר "למען השם הפסיקו את הסגנון הזה, את הזלזול ההדדי, ואת רמיסת כבוד התורה. תלמידי חכמים: מותר להתווכח. אסור לבזות".
אמש אמר הרב יוסף בשיעורו השבועי: "לצערנו הרב רבני צהר עושים דברים חמורים ביותר, הולכים ממנים רבנית והיא צריכה לדורש לפני כל הציבור בליל שבת, ה' ירחם. מזמנים אשה לברך ב'שבע ברכות' את 'יוצר האדם' - 'יוצר הבהמה'. איך אפשר ככה?"
בתגובה אמרו בארגון צהר בתגובה חריפה: "הרב יצחק יוסף ממוטט את מעמדה של הרבנות הראשית לישראל בהשתלחותו במאות רבנים בישראל המקדשים שם שמים ברבים, ומנסים לתקן את חלול השם שהוא גורם לתורת ישראל. דבריו חסרי השחר, והאסורים לחלוטין על פי הלכות לשון הרע ומצוות "מדבר שקר תרחק" - גורמים נזק עצום לתורת ישראל ולכבודה של הרבנות בישראל". בסיום התגובה 'עקצו' בצהר את הרב האשי הספרדו ואמרו כי "לא ניתן להבין כלל כיצד מי שנבחר לרב ראשי לישראל, על אף שלא עמד במבחני הרבנות, פוגע בשדרת רבנים מרכזית בעם ישראל, שמקדישה את חייה למען ההלכה, התורה ועם ישראל כולו".