על פי רוב מקובל להבין את החלוקה בין חוקים ומשפטים באופן דיכוטומי: המושג חוקים (או "מצוות שמעיות" כלשון הרמב"ם בשמונה פרקים ו) - בא לבטא ציוויים אשר אין מצוי בהם כלל הגיון כדוגמת פרה אדומה וכו; עקב כך נותרים הם לנצח במעמד מנוכר לנפשנו וקיומם נעשה מתוך צייתנות לגזירת מלך בלבד. לעומת זאת משפטים (או "מצוות שכליות", שם) - הינם ציוויים כדוגמת לא תרצח ושאר ציוויים חברתיים הניתנים להבנה אנושית; לפיכך ניתן לחוש בהם תחושת חיבור והזדהוּת.
במשנת הרב קוק (בשמן רענן א, אורות המצוות) מתבארים המושגים הללו באופן עמוק יותר: "המצוות המעשיות יש בהן משום שני הדרכים - של בקשת ההיגיון ובקשת הטעמים, ושל התגלות והכרחיות שהיא למעלה מההיגיון ומיסוד הטעמים". במילים פשוטות יותר: בכל מצווה מצויים בעת ובעונה אחת גם רבדים הניתנים להבנה וגם רבדים נסתרים. במצוות המכונות חוקים כדוגמא, אין הכוונה לומר כי אין בהם כלל היגיון ומוסר, אלא חוסר תחושת ההבנה והשייכות הראשונית אליהן הינה סימפטום לכך כי קיים בהן היגיון ומוסר עליון. בקיום המצוות הללו, דווקא בשל חוסר ההבנה הראשונית, מתבטאת שייכותנו לממד האלוהי העל-אנושי, לאותם עולמות ומרחבים אינסופיים אשר עלינו עוד לחשוף. ההיגיון בחוקים אמנם איננו מובן לנו במבט ראשוני אולם ככל שאנו חושפים - בתהליך לימודי אשר איננו חדל לעולם - את הרבדים הנסתרים של אותן מצוות, מעורר הדבר בנו את המצפוניות וההזדהות העמוקות ביותר בעבודת ד; על כן, אף בחוקי תורה מובהקים כדוגמת פרה אדומה - ניתן להגיע להבנה מסוימת (ראה לדוגמא את פירושו של הרש"ר הירש לפרשת חקת).
מאידך, משפטים - הינם אותם ציוויים אשר טעמם הראשוני ניכר אמנם לעין באופן מיידי אולם אף בהם מצויים עומקים אינסופיים שיש מהם העתידים להיחשף במהלך הדורות. היינו, אין הכוונה לומר כי משפטים הינם ציוויים אשר מוצו על ידי שכלנו בשלב זה או אחר ואנו מודעים לטעמם המלא; אף במצוות כדוגמת לא תרצח או לא תגנוב קיימים רבדים נוספים של משמעות מעל ומעבר להכרתנו האנושית-בסיסית. בזכות לימוד מתמיד של טעמי המצוות יכול אדם להגיע לתובנות חדשות ומתוך כך לחיבור נפשי עמוק יותר אף במצוות הנתפסות כחברתיות גרידא.
ניתן לסכם ולומר כי על פי הרב קוק בכל מצווה ומצווה קיים גם פן חוקי של טעמים עתידיים אשר אינם מובנים לנו עדיין, ובמקביל גם פן משפטי של טעמים הגלויים לנו כבר עתה; ההבדל הוא שבמצוות המכונות חוקים הפן העתידי-נסתר דומיננטי יותר ואילו במצוות המכונות משפטים מובלט יותר הפן ההווי-גלוי. יוצא שהיחס בין הפן החוקי לפן המשפטי משתנה באופן סובייקטיבי לפי עיונו ומדרגתו של כל אחד. תפקידנו איפה הוא להעמיק בחקר כל מצווה, להציף ולהעביר יותר ויותר רבדים מהממד הנסתר אל הממד הגלוי, מהרובד המנוכר לנו לרובד השייך להבנתנו ולהזדהותנו; או במילים אחרות: לחבר את עולם העתיד אל עולם ההווה.
הרב חגי לונדין, ר"מ בישיבת ההסדר חיפה