המחלה הקרויה בימינו "צרעת" אינה הצרעת המוזכרת בתורה, לא מצד סימניה ולא מצד דרך הטיפול בה ולא מצד הסיבה שבגללה היא תוקפת את האדם. הצרעת הכתובה בתורה באה כעונש על התנהגות האדם ובעיקר על כשלונו בדיבורו. כמו אצל משה שטען כלפי ישראל: "והן לא יאמינו לי" ונענש: "והנה ידו מצורעת כשלג", וכך אצל מרים שדיברה במשה ונענשה: "והנה מרים מצורעת כשלג". הרמב"ם בסוף הלכות טומאת מבחין בין סוגי הצרעת שבתורה: "הצרעת הוא שם האמור בשותפות כולל ענינים הרבה שאין דומין זה לזה. שהרי לובן עור האדם קרוי צרעת, ונפילת מקצת שיער הראש או הזקן קרוי צרעת ושינוי עין הבגדים או הבתים קרוי צרעת". וגם בין סוגי הצרעת הללו הוא מבחין בין צרעת הגוף לצרעת הבגדים והבתים, וכך כתב: "וזה השינוי האמור בבגדים ובבתים שקראה אותו תורה צרעת בשותפות השם אינו ממנהגו של עולם אלא אות ופלא היה בישראל להזהירן מלשון הרע".
הופעת הצרעת אצל החוטא דומה לעליית חום הגוף אצל החולה, שתפקידו להודיע לאדם שמשהו משובש בבריאותו ושעליו לטפל בעצמו, שאם לא, מחלתו תתפתח והיא עלולה לסכן את חייו. ובמובן זה חום החולה הוא חסד מההשגחה העליונה לטובת החולה, כך לפי הרמב"ם יש לראות את נגע הצרעת המופיע אצל החוטא, שגם לו תפקיד של התראה להודיע לאדם שמשהו משובש אצלו מבחינה מוסרית ועליו לקחת עצמו בידים ולטפל בעצמו, לשפר את התנהלותו המוסרית, שאם לא כן מצבו ילך ויעשה רע יותר. על כן לפי הרמב"ם אין הצרעת תוקפת בתחילה את האדם במלוא חומרתה אלא מתפתחת מן הקל אל הקשה, תחילה בקירות הבית, אח"כ בכלי ביתו, אח"כ בבגדים, ורק לבסוף היא מגיעה לעור הגוף, וכך מתאר זאת הרמב"ם שם: "שהמספר בלשון הרע משתנות קירות ביתו, אם חזר בו יטהר הבית. ואם עמד ברשעו עד שהותץ הבית משתנין כלי העור שבביתו שהוא יושב ושוכב עליהן, אם חזר בו יטהר. ואם עמד ברשעו עד שישרפו משתנין הבגדים שעליו, אם חזר בו יטהרו. ואם עמד ברשעו עד שישרפו משתנה עורו ויצטרע, ויהיה מובדל ומופרסם לבדו עד שלא יתעסק בשיחת הרשעים שהיא הליצנות ולשון הרע".
לפי הרמב"ם נגע הצרעת מתחיל בבתים, ואילו במסכת סנהדרין (עא א) נחלקו חכמים לגבי "בית המנוגע", לפי דעה אחת: "בית המנוגע לא היה ולא עתיד להיות, ולמה נכתב דרוש וקבל שכר". אמנם הגמרא שם מביאה עדויות אחרות, האחת של רבי אליעזר ברבי צדוק: "מקום היה בתחום עזה והיו קורין אותו חורבתא סגירתא", ואחרת של רבי שמעון איש כפר עכו: "פעם אחת הלכתי לגליל וראיתי מקום שמציינין אותו ואמרו: אבנים מנוגעות פינו לשם". אך לפי הסדר של הרמב"ם שהצרעת מתחילה בנגעי בתים, ולאחריה באה צרעת בגדים ורק לבסוף מסתיימת בצרעת הגוף, לכאורה לפי הדעה שבגמרא שמעולם לא היה בישראל בית המנוגע, איך בכל זאת אנו מוצאים במקרא מקרים של צרעת כמו: "וארבע אנשים היו מצורעים פתח השער" (מלכים ב, ז ג) או כמו עזריה מלך יהודה שכתוב עליו: "וינגע את המלך ויהי מצורע עד יום מותו" (מלכים ב, טו ה) או המלך עוזיהו שנאמר עליו: "כי אמרו מצורע הוא" (דבה"י ב, כו כג), איך הם לקו בצרעת מבלי שקדם להם נגע בבתיהם? ואכן ה"ספורנו" בפרשתנו (יג מז) מפרש כמו הרמב"ם שנגעי בגדים ובתים הוא דבר פלא שבא לעורר את האדם להתבונן במציאות הבורא, גודלו וטובו. אלא שהוא מוסיף שלא הכל זוכים ל"חמלה" זו של ההשגחה העליונה, כמו אומות העולם שדרשו חז"ל (נגעים פי"א מ"א): שאין בגדי גויים מטמאים בנגעים. והוא מוסיף בפירושו שם שגם בישראל לא הכל זכו להנהגה פלאית זו אלא רק יחידי סגולה, אותם שנגע הצרעת יעורר אותם להתבונן על מציאות הבורא גדלו וטובו, שהוא רב חסד ואמת העושה צדקה ומשפט, וסופו שיביא אותם לתקן את דרכם. אבל ה"נרדמים" - שלפי הספורנו - "הם כל בני הנכר ורוב האומה הישראלית" הם אינם זוכים שההשגחה העליונה תנהג עמם בהנהגה על טבעית של נגעי בתים ובגדים, אלא בהנהגה טבעית בלבד. ונראה שלפי הדעה בגמרא שבית המנוגע לא היה מעולם, צריך לומר שהמצורעים המוזכרים בתקופת המלכים היו מצורעים בצרעת הטבעית ולא בצרעת הפלאית שהיתה אות פלא בישראל.