(כב) וַיַּסַּע מֹשֶׁה אֶת יִשְׂרָאֵל מִיַּם סוּף וַיֵּצְאוּ אֶל מִדְבַּר שׁוּר וַיֵּלְכוּ שְׁלֹשֶׁת יָמִים בַּמִּדְבָּר וְלֹא מָצְאוּ מָיִם: (כג) וַיָּבֹאוּ מָרָתָה וְלֹא יָכְלוּ לִשְׁתֹּת מַיִם מִמָּרָה כִּי מָרִים הֵם עַל כֵּן קָרָא שְׁמָהּ מָרָה: (כד) וַיִּלֹּנוּ הָעָם עַל מֹשֶׁה לֵּאמֹר מַה נִּשְׁתֶּה: (כה) וַיִּצְעַק אֶל ה' וַיּוֹרֵהוּ ה' עֵץ וַיַּשְׁלֵךְ אֶל הַמַּיִם וַיִּמְתְּקוּ הַמָּיִם שָׁם שָׂם לוֹ חֹק וּמִשְׁפָּט וְשָׁם נִסָּהוּ: (כו) וַיֹּאמֶר אִם שָׁמוֹעַ תִּשְׁמַע לְקוֹל ה' אֱלֹהֶיךָ וְהַיָּשָׁר בְּעֵינָיו תַּעֲשֶׂה וְהַאֲזַנְתָּ לְמִצְוֹתָיו וְשָׁמַרְתָּ כָּל חֻקָּיו כָּל הַמַּחֲלָה אֲשֶׁר שַׂמְתִּי בְמִצְרַיִם לֹא אָשִׂים עָלֶיךָ כִּי אֲנִי ה' רֹפְאֶךָ:
(פרק טו)
מהצורך של משה להסיע את ישראל מים סוף "וממה שנמצאו תמיד מתרעמים מיציאתם ממצרים", למד בעל העקדה כמה הייתה קשה לישראל הפרֵדה מתרבות מצרים. אכן הקושי היה אף גדול יותר מכיוון שישראל היו צריכים להתמודד לא רק עם קושי הפרֵדה, אלא גם עם המעבר מחוקי המצריים לתורת ה' שיש בה "חוקים ומשפטים צדיקים הפכיים אליהם ומתעיבים אותם..." – חוקי התורה הם הפוכים לחוקי מצרים, ועל פי חוקי התורה חוקי מצרים הם תועבה (ראו ויקרא יח, ג ואילך). הקושי של ישראל היה אפוא גם בפרֵדה מתרבות מצרים וגם במעבר לתרבות הפוכה לה.
האירוע שאירע לבני ישראל במרה נועד ללמד את ישראל בעניין זה, כדי להקל על הקושי שלהם. ההפיכה המהירה של מר למתוק תלמד את ישראל "כי בהרגלם בתורה האלוהית הנקראת (משלי ג, יח) 'עץ חיים למחזיקים בה' היה אפשר קרוב שהדבר שהיה להם מתחילה לחוק ודבר זר יהיה מהר למשפט נאות וישר בעיניהם". כמו המים המרים שהפכו למתוקים כך גם התורה האלוקית שנראית לישראל "חוק ודבר זר" תיהפך במהרה ל"משפט נאות וישר בעיניהם".
בעל העקדה אף מציין את הדרך שבה יש ללכת כדי להתקדם בתהליך זה עד המצב המתוקן. כך הוא כותב (שער מ):
"ואפשר שירמוז גם כן אל אופן ההדרכה וההגעה אל תיקונם, ולזה הורה להם עץ 'כי האדם עץ השדה' (דברים כ, יט) וכמוהו לא יבוקש ממנו פריו המתוקן כי אם אחר העבודה והעבודות הצריכות לו בעניין הניכוש והעידור והזימור וזולתם. ולזה סמך, 'ויאמר אם שמוע תשמע וגו'' – תחילה לשמוע, ואחר העשייה אף שתהיה זולת ההתבוננות הראוי, ואחר האזנה והשמעות בטעמם, ומשם יגיע למדרגה שישמור החוקים והוא תכלית האמונה, וזה דרך קרוב לבוא בו כל עייף ויגע באופן שלא תושם עליו המחלה המצרית והוא קושי הלב לשמוע ולעשות את דברי ה'... "
כדי להפוך את המים המרים למתוקים הורה ה' למשה עץ. בעל העקדה רואה בכך רמז שהאדם הוא כמו עץ – כשם שהעץ נותן פריו רק לאחר העבודות המתאימות לו כמו ניכוש עידור וזימור העץ, כך גם האדם ייתן פריו רק לאחר העבודות המתאימות לו. עבודות אלו מלמדת התורה, לדעת בעל העקדה, מיד לאחר הפיכת המים המרים למתוקים: "וַיֹּאמֶר אִם שָׁמוֹעַ תִּשְׁמַע לְקוֹל ה' אֱלֹהֶיךָ וְהַיָּשָׁר בְּעֵינָיו תַּעֲשֶׂה וְהַאֲזַנְתָּ לְמִצְוֹתָיו וְשָׁמַרְתָּ כָּל חֻקָּיו כָּל הַמַּחֲלָה אֲשֶׁר שַׂמְתִּי בְמִצְרַיִם לֹא אָשִׂים עָלֶיךָ כִּי אֲנִי ה' רֹפְאֶךָ".
בעל העקדה מציין ארבעה שלבים שמצויים בפסוק: שמיעה, עשייה, האזנה ושמירה. תחילת הדרך היא שמיעה לקול ה' ועשיית הישר בעיניו. עשייה זו היא אף ללא התבוננות ראויה בטעם הדברים. לאחר מכן מגיע שלב ההאזנה למצוות ה', שהוא שלב ההתבוננות בטעמים, ובסופו של תהליך מגיע שלב שמירת החוקים שהיא "תכלית האמונה".
ההליכה בדרך זו תועיל לאדם להינצל מן המחלה של מצרים שהיא "קושי הלב לשמוע ולעשות את דברי ה'" כמתואר בפרשות הקודמות.
נמצא שיש משמעות חינוכית לאירוע שאירע לישראל במרה. אכן, לדעת בעל העקדה, הסיבה לאירוע זה היא לימוד המשמעות החינוכית.