ישנה אי התאמה מסויימת בין העמדה הנפשית הנובעת מספירת העומר, לבין התקופה בשנה שבה יש לקיים מצווה זו. במהותה, מביעה ספירת העומר ציפיה והמתנה לעתיד- מעצם ספירת שבעה שבועות מפסח ועד עצרת. מצד שני, תקופת השנה של הספירה היא תקופת הקציר "מהחל חרמש בקמה", תקופה שבה קוצרים את פירות העמל אחרי החרישה והזריעה והלב והנפש כבר מצויים בעמדה של סיפוק וגאווה על ההישגים. דווקא העתיד בעיניהם של הקוצרים, דווקא העתיד הוא המעורפל והמאיים, ההווה הוא הזמן השמח ובו מבקשת הנפש להשתהות. אלו הרגעים שלהם ייחלו במשך תקופה ממושכת של חרישה וזריעה בחרדות גדולות ובתפילות.
גם מבחינה החגים שעוטפים את ספירת העומר קשה להבין את מקומה הנפשי של הצפייה שבספירה. חג הפסח, הוא החג הלאומי של עצמאות ישראל, מועד יציאת בני ישראל לחירות, הוא חג של מימוש שאיפה גדולה ועצומה מאין כמוה - המשימה להיות עם חופשי – נסתיימה בו בהצלחה. מדוע אם כן מצווה אותנו התורה להתחיל בספירת העומר בנקודת זמן כל כך לא מתאימה מבחינה נפשית ולאומית? ומה משמעותה של הספירה הזו?
הרש"ר הירש עונה על שאלה זו כך:
אתם תראו עצמכם רק בראשית ייעודכם הלאומי;
ותחלו עתה למנות לקראת השגת מטרה אחרת.
ובלשון זו נאמרה מצוות הספירה בדברים טז, ט:
"מהחל חרמש בקמה תחל לספר שבעה שבעות";
במקום שאחרים חדלו לספור, תחל ספירתך אתה:
"במקום שאחרים חדלו לספור, תחל ספירתך אתה" אומר הרש"ר הירש. והמשימה כעת היא להתכוונן ו"למנות לקראת השגת מטרה אחרת". שיאים, לפי הרש"ר הירש, אינם הישג, אלא פתיחה לצעד הבא. מצוות ספירת העומר מחנכת אותנו להבין שאין מנוחה לישראל, אם הגענו אל מטרה רצויה ונחשקת אין די בכך, אלא מחובתנו להתייגע במחשבה כיצד ניתן למנף את ההישג אל הפסגה הבאה.
אכן, על ספירת העומר נכתב לא מעט. הרמב"ן, המקובלים ובעלי החסידות ראו בימים אלה ימים של התעלות בקדושה במעלות מ"ט שערי בינה עד לשער החמישים והדגישו בכך את אופיים התהליכי של ימי הספירה.
לצד רעיון הספירה כהתעלות, אפשר לומר רעיון נוסף: –הספירה מבטאת את הצורך לשמר את השיא ולהדהד אותו בתוך חיי השיגרה. יש בה קריאה למציאת השגב והמעלה בחיי היומיום. פסח לא נגמר, פסח נמשך, הוא נמשך אל תוך השיגרה. ואולי זו הסיבה שהספירה מסתיימת בחג מתן תורה. חג מתן תורה רומז לאפשרות של תרגום חיים נעלים ורוחניים לפרטי פרטים של היומיום, להחלטות הקטנות המושפעות מן הערך המוסף היהודי שנחתם בנו. ה'משך חכמה' (ר' מאיר שמחה הכהן מדווינסק) לפרשתנו רומז לכוון זה:
והנה תכלית קבלת התורה היא לקיימה נצח,
שלזמן בלבד לא דיבר ה' עם כלל ישראל פנים אל פנים, רק שלקיימה לעולם היה המכוון.
והעיקר, אף דהיות ישראל נאנחים ונאנקים מפוזרים ומובלעים בין האומות,
גם אז ישמרו כל פרט, ויהיו נבדלים מהם בהליכתם בכל אורחותם על פי תורתנו הקדושה,
וכמו שאמר (ויקרא כ, כו) "ואבדיל אתכם מן העמים וכו'" (משך חכמה ויקרא כג, טו)
נתינת התורה לפי דבריו של ה'משך חכמה' אינה זמנית או רגעית, אלא נצחית ומתמשכת, בכל התנאים והנסיבות. היא מסמלת את הרוח היהודית המתקיימת אפילו בגלות, אפילו בשעת ריחוק ודחייה. עם ישראל יכול לחוש את אקסטזת החירות של פסח גם תחת עול גויים כיוון שהתורה מממשת את החירות הפנימית וזו אינה תלויה בנסיבות חיצוניות. היא אינה תלויה בחירות לאומית ואינה תלויה ביכולת מדינית. התורה והתביעה הסיזיפית שלה לחיות בשיגרה של משמעת פנימית, מבטאות את המעבר מעבודת הקציר השאננה אל חרישה וזריעה, ומהודיה והכרה - לאמונה. אך בעיקר הן מבטאות את העובדה שעונות השנה המתחלפות, ותנועות הנפש המשתנות הן רק תמונות מזוויות שונות של אותן עוצמות כבושות בתוך הרוח היהודית.