דוח מבקר המדינה מאשים את שר החקלאות אורי אריאל, בהעברת עשרות מיליוני שקלים לגופים וארגונים כדוגמת הגרעינים התורניים.
עיקר הדוח עוסק במה שמכונה ע"י משרד המבקר ככשלים בגיבוש והפעלת תכנית לעידוד ההתיישבות. לדוגמא מציין המבקר הפניית תקציבים לגרעינים תורניים במרכז הארץ, במקום כאלה השוכנים בפריפריה.
המבקר כינה התנהלות זו כפסולה אשר הביאה לכך "שמשרד הבינוי והחטיבה להתיישבות קבעו אמות מידה למתן הסיוע, כך שלא היה הבדל בין עמותות שפועלות ביישובים מוחלשים לבין אלה שפועלות ביישובים חזקים במעמד חברתי-כלכלי גבוה, ולהוצאה של עשרות מליוני שקלים מקופת המדינה לשם תמיכה בעמותות שחלק מפעולותיהן אינן עולות בקנה אחד עם תכליתה של החלטת הממשלה".
לטענת המבקר, במספר מקרים פעלו מקורבים לשר כפי שמצאו לנכון, זאת מבלי להתייעץ עם גורמי מקצוע. בין היתר נכתב כי באחת הפעמים נקבעו קריטריונים לתקצוב ללא מעורבות מנכ"ל המשרד והיועץ המשפטי "אריאל אפשר מצב שבו עבר שיקול הדעת בנוגע להתוויית החלטות אסטרטגיות מהדרג המקצועי לגורמים בעלי עניין, המבקשים לקדם את ענייניהם האישיים ברמה המפלגתית וברמה העסקית. בכך נושא השר אריאל באחריות למחדל חמור בסדרי המשילות ולפגיעה בסדרי המנהל התקין".
עוד נכתב בדוח כי "החלטותיו של השר אריאל לערב את מקורביו הפוליטיים בתחומים הנוגעים למתן סיוע לגרעיני התיישבות, ואף לייעד להם תפקידים במנהלת הגרעינים, שאותה פעל להקים במשרד הבינוי בתקופת כהונתו, מעוררות חשש כי פעל להבטיח שהתמיכה התקציבית בעמותות תופקד בידי גורמים הקשורים בטבורם לפעילותו הפוליטית והאידאולוגית של השר ואשר להם זיקה מהותית וישירה לחלק מאותן העמותות. מעורבות המקורבים אפשרה לכלול בתכנית קבוצות התיישבות שלא היו זכאיות לסיוע קודם לכן".
שר החקלאות אורי אריאל , הגיב לממצאים ואמר כי הוא "מכבד את קביעות מבקר המדינה וכבר הנחה את הגורמים הרלבנטיים לפעול בהתאם להנחיות המבקר. יחד עם זאת יודגש שמבקר המדינה לא ממליץ להעביר לבדיקת היועמ"ש את פעילות השר".
השר אריאל אמר כי הוא "גאה על פועלו להפוך את פרוייקט הגרעינים המשימתיים לתוכנית ממלכתית, אשר אומצה ואושרה רשמית בידי הממשלה וכל שומרי הסף – היועצים המשפטיים והחשבים במשרדי הממשלה השונים והיו שותפים לכתיבת התוכנית, לקביעת הקריטריונים להפעלתה וליישומה בפועל. אנשי הגרעינים תורמים יום יום שעה שעה לכלל החברה הישראלית, הן בפריפריה הגיאוגרפית והן בפריפריה החברתית. יעידו על כך ראשי רשויות וראשי ארגוני הגרעינים, דתיים וחילוניים כאחד".
ח"כ בצלאל סמוטריץ' הגיב בחריפות לפרסום הדוח ותקף את מבקר המדינה. לדבריו "הפרק בדו"ח מבקר המדינה העוסק במפעל הגרעינים התורניים הוא אחד המוטים והפוליטיים ביותר שנכתבו כאן מאז קום המדינה. יותר ויותר פעמים בזמן האחרון נופל המבקר בפח ומשמש כלי ניגוח בידי צד פוליטי אינטרסנטי כנגד צד פוליטי אחר. על הדרך הוא גם מנסה לסרס עוד ועוד את יכולתו של הדרג הנבחר לקבוע את מדיניותו ולממש אותה".
"פשוט לקרוא ולא להאמין, הגיב סמוטריץ' ואמר: "נדמה שהמבקר עובד אצל סתיו שפיר ואצל ארגון השמאל הקיצוני "מולד", שהדו"ח כולו מבוסס על מניפסט מוטה וחובבני שהוציא הארגון בדצמבר 2014 - חודשיים בלבד לפני שהמבקר החל בבדיקתו. החגיגות התקשורתיות של ארגון השמאל הקיצוני הזה היום עם פרסום הדו"ח מוכיחות את שילוב הידיים הזה יותר מכל. את סתיו שפיר אפשר להבין. פעילותה החברתית העניפה של הציונות הדתית היא לצינים בעיניה. היא מעדיפה את הציבור הזה בהתנחלויות ביו"ש בלבד כדי שאפשר יהיה להאשים אותו בניתוק מהעם. כשהוא מתחבר לעם ופורס רשת של פרויקטים חברתיים בכל רחבי הארץ היא נכנסת ללחץ. את המבקר שמתגייס לעזור לה קצת פחות ניתן להבין".
סמוטריץ' הרחיב וטען כי זוהי פגיעה ביכולתו של שר לפעול כפי שהוא רואה לנכון ויש בכך פגיעה משילותית: "הטענות של המבקר נגד מעורבות יועציו של השר בגיבוש ובמימוש מדיניותו הן המשך הניסיון השיטתי לסרס את הדרג הנבחר ולמנוע ממנו את היכולת לקבוע את המדיניות ולממש אותה, כפי שמתחייב במדינה דמוקרטית, המכבדת את רצון העם. מי אם לא יועציו של השר יממשו את מדיניותו? את מי אם לא את אנשי המקצוע שעוסקים שנים במפעל הגרעינים הוא ייקח לידו כדי לייעץ לו ולסייע לו לפתח את המפעל המפואר הזה? את עובדי המשרד "המקצועיים" שמעולם לא ראו איך נראה גרעין ומה פעילותו?! אולי את היועץ המשפטי של המשרד שלא מבין כלום בנושא?! השר אריאל הקיף את עצמו באנשי מקצוע מהתחום וביחד הם פיתחו ושכללו את המפעל הזה כמו שראוי למפעל חשוב כל כך. בדו"ח המבקר יעטפו בתוך כמה ימים דגים והשר אריאל עוד יקבל פרס ישראל על חלקו במפעל הגרעינים המשימתיים".