חשש כי ש"ס ימנו רבני קהילות חרדיים במקום דתיים לאומיים, לאחר שהמשרד לשירותי דת עבר לידיהם. במהלך השנתיים הקודמות הואצה הכשרתם של רבני קהילות מהציונות הדתית ומינוים לתפקידים בקהילות, אך בעקבות מעבר ש"ס למשרד הדתות ישנו חשש כי ימונו במקומם רבנים חרדים.
בחנוכת בית מדרש בישיבת ההסדר בית שאן אתמול (ג') התייחס לדברים סגן השר לשירותי דת לשעבר, וסגן שר הביטחון כיום הרב אלי בן דהן, ואמר כי ״אני מקווה שהמבנה החדש והתנאים הנפלאים ללימוד תורה, יצמיחו מנהיגים רוחניים חדשים בעם ישראל שילכו בדרכו של הרב קוק ויובילו את עם ישראל.
"זכיתי ובכהונתי סגן השר לשירותי דת יזמתי את מודל רבני הקהילות בישראל שבמסגרתו יוכלו מאות רבני לקדש שם שמיים ברחבי מדינת ישראל ואני מקווה שההנהגה הנוכחית של המשרד תשכיל להשתמש בהון האנושי המצוין שהציונות הדתית תצמיח", אמר הרב בן דהן.