בבוקר חג ראשון של סוכות, הלך הרב שפירא לעולמו. אלפים השתתפו בהלוויתו.
הרב שפירא נולד בירושלים בחודש אייר, דור שישי בירושלים וחניך ישיבותיה. בצעירותו למד הרב בישיבת עץ חיים ולאחר מכן בישיבת חברון בראשות הרב משה מרדכי אפשטיין והרב יחזקאל סרנא זצ"ל. הרב שפירא התפרסם כעילוי, חדשן ושקדן נפלא.
לאחר נישואיו היה מגיד שיעור קבוע בישיבת מרכז הרב בירושלים, הוא עמד בקשר שאלות ותשובות עם הרב איסר זלמן מלצר זצ"ל, שהודפסו בספרו "אבן האזל" יחד עם חילופי שאלות ותשובות עם החזון איש מבני ברק, רבה של ירושלים הרב צבי פסח פרנק, הרב מבריסק והרב דובער וינפלד מטשבין ע"ה.
בשנת תשט"ז התמנה הרב שפירא ע"י הרב יצחק אייזיק הלוי הרצוג ז"ל, הרב הראשי לישראל, לדיין בבית הדין הרבני בירושלים, ומשנת תשל"א הוא שימש כאב בית דין שלו. משנת תשל"ד שימש הרב כדיין בבית הדין הרבני הגדול ובשנת תש"ם נבחר כחבר מועצת הרבנות הראשית לישראל.
הוא נודע בגדלותו בתורה, במידותיו התרומיות ובגישתו העניינית לכל נושא. נסיונו העשיר בהעמדת 
תלמידים, בפסיקה כדיין מובהק ובמתן שיעורי תורה שימשו לו לעזר רב עם היבחרו לרב הראשי בא ניסן תשמ"ג.
כחמישים שנה שימש בישיבת מרכז הרב בהרבצת תורה בשיעורים קבועים ובדאגה לצרכיה של הישיבה ותלמידיה הרבים. מאז פטירת מרן, ראש הישיבה, הרב צבי יהודה הכהן קוק זצ"ל, בשנת תשמ"ב, הוא שימש כראש הישיבה. ביתו היה פתוח לכל מי שזקוק לליבון נושאים תורניים וציבוריים, לעצה ולעידוד. תלמידיו הרבים נמצאים בכל איזורי הארץ. רבים מהם רבנים או דיינים, ומחנכים העוסקים בחינוך בכל שכבות הציבור. הרב עודד הקמת ישיבות נוספות על ידי תלמידיו, ופעל לביסוסן וקידומן.
הרב פעל למען הארכת כהונתם של הרבנים הראשיים, הרב שלמה גורן זצ"ל ויבלח"ט הרב עובדיה יוסף. ניסיונו העשיר בעבודתו בישיבה ובבתי הדין עמדו לו בפעילותו העניפה בהרמת קרנה של הרבנות הראשית לישראל. במסגרת פעילותו כרב ראשי חיזק את מערכת הרבנות הראשית לישראל במספר תחומים: הרחבת הפיקוח על הכשרות, קידום מעמד הרבניים והדיינים, יצירת קשרים הדוקים עם גדולי הרבנים בגולה ומענה לשאלות מרובות שעלו על הפרק. כמו כן יזם הרב הקמת כוללים ברחבי הארץ, שאברכיהם נשלחו לפעילות תורנית וחינוכית בחוץ לארץ.
בזמן הסכמי אוסלו הרב שפירא היה בין מקימי "איחוד רבנים למען ארץ ישראל" שקבע שמסירת שטחים בשליטת ישראל לנכרים, אפילו תמורת הסכם שלום, מנוגדת להלכה. הוא קרא לחיילים שלא להשמע לפקודות המורות למסור שטחים לנכרים. בסמוך ליישום תוכנית ההתנתקות יצא הרב שפירא בקריאה לאנשי כוחות הביטחון לסרב פקודה.
לקראת שנת השמיטה התשס"ח, חתם עם הרבנים הרב מרדכי אליהו, דב ליאור ויעקב אריאל יבלח"ט על קריאה לציבור להצטרף לאוצר הארץ "התומך בחקלאים יהודים שרוצים לשמור שמיטה למהדרין", כלשונם.
הלוויתו של הרב שפירא זצ"ל יצאה בבוקר יום שישי מישיבת "מרכז הרב" בירושלים לכיוון הר הזיתים.
נמסר כי את מקומו של הרב אברהם שפירא בישיבה יירש בנו, הרב יעקב שפירא.
ברוך דיין האמת.