הפרקליט הצבאי הראשי, תא"ל שרון אפק, החליט הבוקר (ה') להעמיד לין משמעתי את תא"ל מרדכי כהנא, ששימש קצין האיסוף הקרבי ומפקד מערך ההגנה על הגבולות.
כהנא יעמוד לדין משמעתי בגין כמה עבירות של התנהגות שאינה הולמת, נטילת ציוד שלא כדין ואי קיום הוראות המחייבות בצבא, אך לא יוגש נגדו כתב אישום.
נגד כהנא התנהלה חקירת מצ''ח, במהלכה עלה כי הקצין החזיק ציוד צבאי ואזרחי בהיקף גדול מאוד בניגוד לפקודות הצבא ולאורך זמן רב. כמו כן עלה כי הוא פעל באופן בלתי הולם בממשקים שקיים עם חברות אזרחיות.
תא"ל קבע בהחלטתו כי חומרת המעשים נובעת גם מהעובדה שבוצעו על ידי קצין ומפקד בכיר מאוד ומנוסה, אשר אמור לשמש בהתנהגותו דוגמה אישית ליישום קפדני של פקודות הצבא.
במהלך החקירה, ביקש כהנא לסיים את תפקידו ולפרוש מצה''ל בעקבות הפרשה, ולאור זאת ולאור העובדה שבמרבית הציוד לא נעשה שימוש פרטי, הורה הפרקליט הצבאי הראשי על טיפול פיקודי והעמדתו של הקצין לדין משמעתי.