בשנים האחרונות ועל אף שקמו לכך מתנגדים רבים, הקפיד הרב מוטי אלון להמשיך ולהעביר שיעורי תורה במקומות שונים ברחבי הארץ. אמש (ראשון), בהשתתפות מאות אנשים ברחוב המלך ג'ורג במרכז העיר ירושלים, נחנך בית מדרשו החדש של הרב שקבע את המזוזה והעביר בו את שיעורו הראשון.
הרב אלון, שפורום תקנה האשים אותו בשורת עבירות מין נגד קטינים, הורשע לבסוף בשנת 2013 במעשה מגונה ונגזרו עליו 15 חודשי מאסר על תנאי ושישה חודשי עבודות שירות. למרות ההרשעה לא חדל הרב מלהעביר שיעורים ברחבי הארץ.
באדיבות המצלם. בית המדרש בראשותו של הרב מוטי אלון
במארס 2016, בזמן שהרב אלון התארח בשבת בגבעת שמואל והעביר שיעורי תורה, הפגינו חלק מתושבי המקום ומחו על כך שהוזמן לשכונה. לפני כשנה וחצי יצא ארגון רבני בית הלל נגד חזרתו של הרב אלון לבימת מעביר השיעורים. בהודעה שפרסמו נכתב בין היתר כי "דמויות שמעדו ולא תיקנו את מעשיהן – אל להן לפעול במערכת הרבנית והחינוכית, שכן מערכת זו צריכה לשמש דוגמא ומופת בנושא זה".
לעומתם, יצא הרב חיים דרוקמן להגנתו של הרב אלון, כשאמר בראיון ל'עולם קטן' בשנת 2015 כי "מתוך כל הסיפורים והעדויות שדובר עליהם, רק במקרה אחד שהתרחש לפני שנים רבות מצא אותו בית המשפט אשם. וגם עליו העונש שנפסק היה שישה חודשי שירות. בשום מקום לא נכתב שהוא מורחק מעתה מחיים ציבוריים. אז על מה כועסים עליו. שהוא ממשיך ללמד את אלה שרוצים לבוא ולשמוע וללמוד ממנו תורה?".