בתגובה לדו"ח מבקר המדינה השנתי שעוסק בעיקרו במערכת הביטחון ואשר מתח ביקורת בין היתר על תפקוד משטרת מחוז ש"י, מסרה דוברות המשטרה כי: "במסגרת תהליכים ארגוניים שהחלו עוד בשנת 2016 בכל הנוגע לבניין הכוח, בוצעו ועוד צפויים שינויים ארגוניים משמעותיים במחוז, בהם הקמת שתי תחנות חדשות ותוספת תקנים וכח אדם להתמודדות מיטבית מול האתגרים השונים.
מרכז השליטה המחוזי המעניק מענה מיטבי למאות אלפי פניות אזרחים מדי שנה, עבר שדרוג משמעותי וכיום כל שוטרי המשל״ט בוגרי הכשרה מקצועית. כמו כן, בתקופה הקרובה אף צפוי להתחיל בניית משל"ט חדש וממוגן. בהתאם לאתגרי המשטרה באיו״ש ואיומי הייחוס השונים, בשנים האחרונות מתבצעת עבודת מטה מקיפה בנושא רכבים ממוגנים תוך בחינת החלופות השונות באופן שייתן מענה מיטבי ומקצועי לטווח הארוך".
באשר למערכות מחשוב הנוגעות לאכיפת החוק בתחום דיני התעבורה באיו"ש מסרה המשטרה כי הסתיים תהליך הפיתוח של הממשק מצה"ל למשטרה בנושא כלי רכב ונהגים פלסטינאים, וכי הקבצים מצה״ל התקבלו במשטרה לראשונה רק באוגוסט 2017. לטענת המשטרה עולה כי מידע רב הינו שגוי. ולאור זאת החליטה שלא לאפשר את קליטת המידע עד לטיובו, מאחר וקליטתו עלולה לגרום להצגת מידע שגוי במערכות המשטרה ומצב זה עלול לחשוף אותה לתביעות אזרחים, שיפגעו כתוצאה מאכיפה המתבססת על מידע שגוי זה. עוד מסרה המשטרה כי על מנת לייעל את האכיפה בכבישי איו״ש, נוספו ניידות ושוטרים לכבישים בינעירוניים באיו״ש בגלל האתגר של חיכוך עם האוכלוסייה הפלסטינית וניידות של משטרת התנועה הארצית מתגברים אכיפה בנוסף על הניידות של מחוז ש״י".
משטרת ישראל הודיעה כי היא מברכת על דו"ח מבקר המדינה, מאמצת את מסקנותיו, ותפעל ליישום הנושאים העולים בו וכי חלק ניכר מההערות שעלו בדו"ח המבקר, נבחנו ואומצו ע"י המשטרה עוד בטרם פרסומו, בעקבות תהליכי בקרה ולמידה אותם מקיימת המשטרה באופן תדיר.