לאור הפיגוע בהר הבית בו נרצחו שני שוטרים ונהרגו שלשה מחבלים, נוצרו שאלות כבדות משקל אצל מתנדבי ומפקדי זק"א, בכל הנוגע לטיפול בחללים בשטח הר הבית – מקום המקדש. לאחר כשבועיים הוחלט כי חובה להכנס אל שטח הר הבית המקודש על מנת להוצא ממנו כל סוג של טומאה, ובנוסף, _לראשונה בתולדות זק"א גוייס צוות מתנדבים כהנים לטיפול במתחם 'מחנה שכינה'.
מצד אחד, הר הבית נחשב למקום המקודש ביותר לעם ישראל, וכיום כשכל יהודי הוא בחזקת טמא בטומאת מתים, העלייה להר הבית על פי דעת רוב רבני ישראל, ובראשם הרבנות הראשית - הוא איסור חמור ביותר, באיסור של עונש כרת. מצד שני, יש חובת מצווה להוציא טומאה ממקום המקדש בכל דרך.
מיד לאחר הפיגוע הקשה, נערכה שיחת וועידה בין רבני זק"א, שם התקבלה החלטה נקודתית וחד פעמית במסגרתה הורו למתנדב בודד להכנס לשטח ההר, לאחר טבילה והוראות מפורטות. אך על מנת לדעת איך לנהוג בעתיד, ועד רבני זק"א בנשיאותו של הגאון הרב אביגדור נבנצל, רבה של העיר העתיקה, התכנסו לדון בביתו במורכבות של הנושא. מפקדי זק"א ובראשם יו"ר הארגון יהודה משי זהב פרשו בפני הרבנים את השתלשלות הפיגוע בהר הבית ותרחישי הייחוס האפשריים.
הרבנים דנו וליבנו ארוכות בנושא מורכב ועדין זה, כשבסופו של דבר הוציאו הנחיות הלכתיות ברורות למתנדבי זק"א בכל הקשור לטיפול בכבוד המת במקום המקדש. פסק ההלכה של ועד רבני זק"א מהווה חידוש גדול ואפילו מהפכני בפן ההלכתי,כשהרבנים קבעו כי יש חובה להוציא כל גופה מהר הבית. לא משנה אם מדובר בגופת יהודי או לא יהודי, מחבל וכו' .ולא רק זאת, אלא שהרבנים אף קבעו מדרוג של המתנדבים שיטפלו בחלל בהר הבית, לפי הסדר הבא: כהנים, לויים, ישראלים, עדיף ישראל טבול על כהן או לוי לא טבול, אם אין מתנדבים טהורים שטבלו במקווה, הטיפול ייעשה על ידי מתנדבים טמאים, עדיף יהודי שיטפל ולא גוי.
הרבנים אף הבדילו בין המתחמים בשטח הר הבית, כשבמתחם המקודש ביותר הנקרא 'מחנה שכינה', העדיפות הראשונה היא שכהנים יטפלו באירוע. לעומת המתחמים הנקראים 'מחנה לויה' ו'עזרת ישראל', יטפלו המתנדבים לפי המדרג דלעיל. כמו כן, הנחו הרבנים למתנדבי זק"א פעולות נדרשות לפני הכניסה להר הבית: לטבול במקווה, ללבוש מינימום של בגדים, ללא נעליים, להכניס מינימום של ציוד, ולהיכנס ולצאת בדרך הקצרה ביותר.
כחלק מהחלטת הרבנים, מוקמת בימים אלו "יחידת זק"א כהנים". כיום, אין בקרב מתנדבי זק"א כהנים, שכן כהן מוזהר שלא ליטמא במת, ולא לכל טומאות הפורשות ממנו. מאיר אקער, מזכיר ועד רבני זק"א אומר כי צוות מתנדבים מיוחד, כהנים המתגוררים באיזור העיר העתיקה בבירה, שוקדים בימים אלה על ההלכות והכללים כפי שהנחו רבני הארגון, על מנת שבמקרה הצורך, אלה יכנסו לשטח ההר, במתחם המקודש ביותר 'מחנה שכינה', על מנת לטפל ולפנות את החלל.
"מדובר בשאלות כבדות משקל באיסורים החמורים ביותר מבחינת הלכתית כשהעונש על מי שעובר עליהם הוא כרת" אומר יהודה משי זהב יו"ר זק"א , "ולכן היה חשוב מאד לארגון לקבל הנחיות הלכתיות ברורות עבור המתנדבים. כל הכבוד לרבני זק"א אשר לא פחדו להתמודד עם השאלות הקשות, כאשר לא רבים הם הרבנים המוכנים להתמודד איתם".
"הנחיות הרבנים מחייבים את ארגון זק"א להיערך מבצעית לתרחישים שונים בהר הבית. לראשונה יוקם בזק"א 'צוות כהנים' – מתנדבים כהנים אשר יטפלו במקרה הצורך בחללים בהר הבית. שזה חידוש גדול. כי על פי ההלכה לכהן אסור להיטמא למת, אבל במקרה של חלל בהר הבית חובת המצווה היא בראש וראשונה על 'הכהנים' לעומת האחרים, בנוסף לכך שבמתחם 'מחנה שכינה' עדיפות היתר הכניסה אליו הוא של הכהנים".
ארגון זק"א יגיע להסדר עם מנהלי 'מקוואות', 'נקבת השילוח', באפשרות של נגישות בזמן אמת. ויפרסם את רשימת המקוואות בין המתנדבים. כ"כ צוות הר הבית יעבור שיעורים וקורסים על גבולות הר הבית והמתחמים השונים".