בחודש שעבר, סמוך לפיגוע בהר הבית, פשטו כוחות הביטחון על המתחם במטרה לאתר אמצעי לחימה. בצד הפלסטיני היה מי שטען כי ישראל החרימה מסמכים מהארכיון במקום, אך הוואקף סיפק הצהרה מפתיעה כשאמר אמש (רביעי) כי לא כך הם פני הדברים.
לאחר שכוחות הביטחון סיימו לסרוק את המקום, טען יו"ר המרכז הירושלמי הבינלאומי, חסן חאטר, כי ישראל החרימה מסמכים חשובים מתוך ארכיון הוואקף.
בארגון המוסלמי טענו מנגד כי כל החומרים שהיו במוזיאון נשארו במקומם ולא נלקחו, אך הוסיפו כי בעקבות הפריצה למקום, נשברו מנעולים, נהרס ציור של הר הבית וכן ניזוקו חומרים כימיים שבאמצעותם משמרים את המסמכים.
יש לציין כי הרקע לפשיטה היה פיגוע הירי הרצחני במקום, במהלכו רצחו שלושה מחבלים מאום אל פאחם שני שוטרים ישראלים. מייד לאחר מכן סגרה ישראל את הר הבית למשך שלושה ימים וביצעה פשיטה במקום מחשש להימצאותם של אמצעי לחימה וחומרי חבלה שעלולים היו לשמש לפיגועים נוספים.