היועץ המשפטי לממשלה, אביחי מנדלבליט, הגיב הבוקר (ג') להנחייתו של שר הביטחון אביגדור ליברמן, שלא לתת במה ליהונתן גפן בגלי צה"ל, ואמר כי אין לליברמן סמכות להתערב בתכנים המושמעים בתחנה.
בהודעה שיצאה ממשרד המשפטים נכתב: "היועץ המשפטי לממשלה מבקש להבהיר כי על פי הדין, כפי שנקבע כבר בעבר על ידי היועץ המשפטי לממשלה, אין לשר סמכות חוקית להתערב בתכנים המשודרים בתחנה. הסמכות החוקית לקבוע את התכנים שישודרו בתחנה מסורה בידי גורמי המקצוע של התחנה בלבד.
"סעיף 7 להוראת הפיקוד העליון, מספר 2.0617 (הפ"ע גל"ץ), מסדיר את העצמאות העיתונאית של התחנה וקובע כדלקמן: 'מפקד התחנה כפוף לקצין החינוך והנוער הראשי, אולם בעניינים עיתונאיים-מקצועיים, שבהם הוא עוסק בתפקידו כעורך ראשי של התחנה, הוא לא יהיה נתון למרות מפקדיו, ויעמדו לנגד עיניו השיקולים המקצועיים העיתונאיים'".
עוד נאמר כי "הדבר גם בא לידי ביטוי בעבר פסיקת בג"ץ, שעמד על חשיבות עצמאות הגורמים המקצועיים בתחנה והיקף שיקול הדעת הרחב המסור להם בכל הקשור לתכנים המשודרים, תוך שהוא מדגיש את חשיבות התחנה כחלק ממערך השידור הציבורי בישראל. מובן כי אין בדברים האמורים בכדי לתת לגיטימציה כלשהי לתוכן הדברים המקוממים שנאמרו".